چالش‌های پیش آمده در مصر دو پرسش اساسی را پیش روی می‌گذارد یکی آینده کوتاه مدت و دیگری آینده مصر در دراز مدت چه خواهد بود؟ آیا مبارک و یا نظامیان و بازماندگان او می‌توانند بار دیگر به قدرت بازگشته و اخوان المسلمین را به جریانی زیرزمینی تبدیل و دست آن‌ها را از قدرت کوتاه کنند یا اینکه آن‌ها مجبور خواهند شد به خواست مردم برای به سرانجام رساندن انقلاب ۲۵ ژانویه آن‌ها تن دهند.
با نگاهی گذرا به آنچه در شش ماه اخیر در مصر رخ داده است، یکی از اقدامات نظامیان از زمانی که دست به اصطلاحا کودتای سفید زدند، حذف اخوان و به طور گسترده‌تر حذف اسلامگرایان از صحنه فعالیت‌های سیاسی مصر بوده و نشانه‌های بسیار روشنی مبنی براینکه این هدف را دنبال می‌کنند، وجود دارد. انحلال اخوان، دستگیری سران آن‌ها و از همه مهم‌تر و کلیدی‌تر گنجاندن موادی در قانون اساسی که فعالیت احزاب اسلامی و مذهبی را ممنوع می‌کند، از جمله این موارد روشن است.
با این حساب آنچه که از این دست اقدامات بر می‌آید، آن‌ها به دنبال حذف اخوان و نیروهایی هستند که می‌تواند منافع غرب و حامیان مبارک در میان نظامیان و ثروتمندان و سرمایه داران را تهدید کند و همچنین حذف آنهایی که راه‌های دموکراتیک برای حضورشان در صحنه سیاسی و حتی ارتجاع منطقه مفید نیست. زیرا تشکیل حکومتی به عنوان حکومت دموکراتیک اسلامی هم به معنی پایان روند ارتجاع در منطقه است و این سرآغازی بر پایان حکومت‌هایی است که هیچ‌گاه رنگ دموکراتیک را ندیده اما به نام اسلام در کشورهای عربی حکومت می‌کنند و همچنین آمریکایی‌ها و اسرائیلی که برپایی حکومتی مستقل را در مصر مخالف خودشان می‌دانند. اما پرسش این است که تا چه اندازه موفق به حذف و یا محدود کردن اخوان می‌شوند؟ از این منظر تحلیل‌های زیادی وجود دارد.
محمد احمد جبیل کار‌شناس مصری در گفتگو با الاهرام معتقد است در حال حاضر با وجود انواع شیوه‌های سرکوب، اتهام زنی و شکنجه، دانشگاه‌های مصر و اکثر دانشجویان مصری به دفاع از اخوان برخاستند که نشان از پتانسیل قوی برای حذف اخوان از صحنه سیاسی توسط دولت است. در مقابل دانشجویی که جانش را به خطر می‌اندازد و در حالی که از او تصویربرداری می‌شود، به صحنه می‌آید، نشان از پتانسیل و خواست عمومی برای حضور اخوان در صحنه است. با این همه نظامیان تمام تلاششان را خواهند کرد که محبوبیت و اثرگذاری اخوان را کاهش دهند. بسیاری از کار‌شناسان شمال آفریقا چه در داخل و چه در خارج از مصر معتقدند هر گونه فشاری بر اخوان حتی اعدام یا زندان ابد، موجب خواهد شد که فضا علیه خودشان تغییر کند. کما اینکه گفته می‌شود محبوبیت اخوان در حال حاضر روز به روز بیشتر از زمانی است که مرسی در راس قدرت بود. از سوی دیگر این اقدامات در روند انتخابات سال آینده و انتخاب مردم مصر تاثیر داشته و موفقیت مخالفان اخوان و پیروزی آن‌ها در انتخابات هم در هاله‌ای از ابهام قرار دارد. در مقابل این اتفاق‌ها، جعفر قنادباشی تحلیلگر مسایل شمال آفریقا معتقد است، همان روزهای آخر، مبارک به دلیل کهولت سن نمی‌توانست از پس مسئولیت‌هایی که طی ۳۰ سال بر عهده داشت، بر بیاید. از این رو آن‌ها با مشکل پیدا کردن جانشین برای مبارک رو به رو شدند و به دلیل تعلل در انتخاب جانشین و جایگزینی مهره قابل قبول، انقلاب مصر صورت گرفت. در حال حاضر نیز آن‌ها به هیچ وجه بر روی افراد مسن سرمایه گذاری نمی‌کنند. مصری‌ها علاقه‌مند یافتن مهره‌های جوان هستند؛ در حال حاضر غربی‌ها بر روی گزینه السیسی کار می‌کنند. بر اساس نظرسنجی که نشریه تایمز تحت عنوان محبوب‌ترین شخص سال منتشر می‌کند، تصویر السیسی را به عنوان مرد سال در صفحه اول درج کرد. این اقدام می‌تواند موجب محبوبیت شود. همه پرسی‌های زیادی در غرب این‌گونه وانمود می‌کنند که مهم‌ترین مهره السیسی است. به نظر می‌رسد آینده مصر در کوتاه مدت چالش میان کسانی است که خواستار از میان رفتن بقایای رژیم سابق و برپایی نظامی هستند که پاسخگوی جمعیت ۹۳ میلیونی را بدهد. ساختار کنونی سیاسی مصر مربوط به ۵۰ سال قبل است؛ گرچه تحولاتی در این ساختار ایجاد شده اما به دلیل عدم نوسازی، این ساختار هیچ تناسبی با مصر و شرایط امروزی ندارد. نیاز مصر این است که برای پاسخگویی نوسازی ساختار کامل متناسب با نیازهای نسل و انتظارات امروزی ایجاد شود و مردم هم انتظار چنین چیزی را دارند و به هیچ وجه نمی‌توان ساختارهای گذشته را بر مردم تحمیل کرده و ادامه داد. اما در دراز مدت مصر به سمت دولت اسلامی‌تر، ملی‌تر، ضد غربی‌تر و ضد اسرائیلی‌تر پیش می‌رود. این سمت و سو به قدری قوی است که به هیچ وجه اهرم‌های نظامی و دلارهای نفتی نمی‌تواند این مسیر را تغییر دهد. نشانه‌های این مسیر آشکار است.