بعد از کودتای 28 مرداد 32 و خفقانی که حاکم شد فعالیت های سیاسی و مبارزاتی کمرنگ بود اما در همان ایام هم حاج مهدی مبارزات خود را دنبال کرد و از گزارشی به تاریخ 6 اردیبهشت 1335 که دستوری از شعبه 32 دادگستری تهران به بازداشتگاه کاخ است روشن می‌شود که او در این ایام در زندان بوده و در پی وجه‌الضمانی که در باره او صادر شد، آزاد می‌شود. مدتی بعد، طبق درخواستی که در تاریخ 24 بهمن 1336 از طرف رییس اداره زندان به ریاست پلیس تهران ابلاغ شد، تقاضا می‌شود حاج مهدی عراقی خود را به آن اداره معرفی کند. ظاهراً این بار هم بعد از تحمل چند ماه زندان سرانجام به قید وثیقه آزاد می‌شود.
در آغاز دهه 40 مبارزات رنگ و بوی دیگری به خود می گیرد. پس از ارتحال آیت الله العظمی بروجردی، به همراه دوستان خود به دیدار امام خمینی (ره) در قم می رود و در اردیبهشت 42 به دتسور امام خمینی(ره) موتلفه اسلامی را تاسیس می کنند که شهید عراقی از اعضای شاخص و اصلی آن بود.
در جریان اجرای حکم الهی درباره حسنعلی منصور نخست وزیر رژیم در سال 43 به زندان می افتد و ابتدا محکوم به اعدام می شود و سپس با یک درجه تخفیف حبس ابد می گیرد و به مدت 13 سال در زندان رژیم می ماند.
این 13 سال خود فراز و نشیب ها دارد، از این زندان به آن زندان و از تبعیدی به تبعید دیگر.
اما حاج مهدی در زندان نیز اثرگذار می شود و بسیاری از زندانیان به او نگاه پدرانه داشتند.
پس از آزادی از زندان مدتی در کنار دیگر انقلابیون قرار می گیرد و پس از عزیمت امام خمینی(ره) به فرانسه، بلافاصله خود را به امام می رساند تا پس از سالها مراد خود را ملاقات کند.
امام خمینی (ره) اداره دفتر خود در نوفل لوشاتو را به وی می سپارد و همراه با امام خود در 12 بهمن 57 به کشور باز می گردد.
پس از تاسیس حزب جمهوری اسلامی، به همراه دیگر دوستان خود در موتلفه اسلامی به این حزب ملحق می شود و در جایگاه عضویت شورای مرکزی آن قرار می گیرد.
پس از شلوغ شدن زندان قصر به حکم امام به ریاست آن جا منصوب شد و پس از چندی به عضویت شورای مرکزی بنیاد مستضعفان درآمد و در همین سمت بود که به عنوان مسئول مالی بنیاد به اتفاق حاج حسین مهدیان، سرپرستی روزنامه کیهان را بر عهده گرفت. مؤسسه کیهان پس از انقلاب پر از ساواکی، توده‌ای و سلطنت‌طلب و در یک کلام معجونی خاص بود و حاج مهدی عراقی مسئولیت سر و سامان دادن به آن را بر عهده گرفت.
او که در دوران مبارزاتش به بی باکی از مرگ و اشتیاقش به رشادت شهره بود در همان اولین روزهای شهریور سال ۱۳۵۸ با ناراحتی به دوست و همرزم قدیمی اش حبیب الله عسگر اولادی گفته بود: «از زندان آزاد شدیم. نهضت تبدیل به انقلاب بحمدالله موفق شد و ما گرفتار کارهای اجرایی شده ایم. نکند در رختخواب حرام شویم و از فیض شهادت محروم شویم و چیزی را سالیان دراز آرزویش را داشتیم در رختخواب این روزها را به گور ببریم. ما همراه شهیدان فراوانی بودیم که آنها را با پیکر خون آلود به خاک سپردیم. نکند که خون خودمان حرام شود.»
اما انتظار حاج مهدی عراقی بعد از چند روز به واقعیت تبدیل شد و به درجه رفیع شهادت نائل شد. او که در صبحگاه چهارم شهریور ۱۳۵۸ به همراه پسرش حسام و حسین مهدیان، مدیرمسئول روزنامه کیهان سوار بر خودروی خود به سمت موسسه کیهان در حرکت بود، توسط سه موتور سوار از گروهک فرقان به نام علی اسدی، رضا یوسفی و محمد موسوی مورد هدف قرار گرفت. حسین مهدیان و محافظ او مجروح شدند که بعد از مدتی بهبود یافتند اما عراقی و پسرش حسام به شهادت رسیدند.
حاج حسین مهدیان که خود شاهد این حادثه بود و به شدت زخمی شد، در این باره می گوید: «صبح ها و عصرها باهم می رفتیم و می آمدیم و از بس کار زیاد بود، از این فرصت رفت و آمدها استفاده و مشکلاتمان را در همین فرصت کوتاه مطرح می کردیم. ساعت ۷:۱۰ صبح ایشان به منزل ما می آمدند. روز یکشنبه چهارم شهریورماه هم آمدند. چند تا تلفن زدند و آمدیم بیرون. ایشان نشستند پشت فرمان و من نشستم بغل دست ایشان. ماشین شهید، پیکان بود... حسام پشت سر من بود و محافظ، پشت سر ایشان نشسته بود. منزل ما سه تا چهار خانه مانده به انتهای یک کوچه بن بست است. وقتی رسیدیم سر کوچه که وارد خیابان اصلی بشویم شخصی در کنار ما ظاهر شد و اتومبیل ما را به رگبار بست. از همان گروهی که شهید مطهری، شهید مفتح و شهید قرنی را زدند؛ یعنی گروه فرقان. در پیاده رو کمین کرده بودند و یوزی های اسرائیلی دستشان بود و بارها از طرف من به ماشین بستند؛ طوری که در آهنی منزل روبرو سوراخ سوراخ شد. همین که رگبار مسلسل شلیک شد، من در یک لحظه دیدم که شهید عراقی از آنجا تکان خورد و ایستاد و دیگر هیچ چیز متوجه نشدم. سه تا گلوله به من اصابت کرد. دو تا به کتف و دیگری به دستم خورد...آنچه آخرین لحظه شهادت ایشان در ذهنم هست، قامت ایستاده ایشان بود. یعنی در لحظه شهادت هم در مقابل دشمن سر خم نکرد و ایستاده شهید شد.»
از نکات قابل توجه درباره شهید عراقی، علاقه ویژه امام خمینی (ره) به وی بود و شهید عراقی تنها شهیدی بود که امام(ره) در تشییع پیکر وی حضور یافتند.
حضور امام خمینی (ره) در مراسم تشییع جنازه حاج مهدی عراقی و فرزندش حسام، نشان از عشق و علاقه فراوان و میزان اعتبار و اهمیت مهدی عراقی دارد؛ مسئله ای که در طول زندگی امام خمینی به ندرت دیده شده بود و شدت علاقه امام متوجه کمتر شخص انقلابی دیگر شده بود.
داغ از دست دادن شهید عراقی بسیار برای امام سنگین بود. امام در فقدان شهید عراقی فوق العاده گریست و ملتهب شد و بعد از اینکه تا پاسی از شب بر سر مزار حاج مهدی (در جوار حرم حضرت معصومه سلام الله علیها در قم) نشستند و دعا کردند، در جمع خانواده شهید مهدی عراقی حضور یافتند و تعابیری را برای او به کار بردند که برای بسیاری که او را نمی شناختند، عجیب بود: «من ایشان را حدود ۲۰ سال است که می شناسم. مهدی عراقی یک نفر نبود. او به تنهایی ۲۰ نفر بود. حاج مهدی عراقی برای من برادر و فرزند خوب و عزیز من بود. شهادت ایشان برای من بسیار سنگین بود، اما آنچه مطلب را آسان می کند، آن است که در راه خدا بود. او می بایست شهید می شد. برای او مردن در رختخواب کوچک بود.»
رهبر معظم انقلاب نیز با توجه به جایگاه این شهید، همواره در دیدارهای سالانه هیات دولت با ایشان به مناسبت هفته دولت، نام این شهید بزرگوار را در کنار شهیدان رجایی و باهنر ذکر می کنند.
ایشان همچنین در سخنانی درباره شهید عراقی فرمودند:
«شهید عراقی پیشکسوت انقلاب، سرباز قدیمی امام و اسلام و فرزند جوان عزیز فداکار او حسام عراقی. شهید عراقی را در سه جمله کوتاه به یاد شما عزیزان بیاورم. یکی از آن چهره‌هایی که برای انقلاب و اسلام می‌سوخت. جوانی‌اش را در راه خدا داد، از لذت‌های جوانی گذشت، با زندان‌ها و سختگیری‌ها و شدت عمل وحشیانه آن رژیم سینه به سینه مقاومت کرد. همسرش و فرزندان کوچک و خردسالش را تحت کفالت خدا و به امید خدا رها کرد و مثل سرباز شجاعی در دل دریای دشمن، خودش را غرق کرد و 13 سال بعد آمد بیرون یک چنین انسان فداکار. بعد هم که انقلاب پیروز شد، پرچمی که سالهای متمادی در دست عراقی و عراقی‌ها بود بر پشت بام بلند این نظام، این کشور و این ملت به اهتزاز درآمد. بدون هیچ توقعی با خاکساری و با تواضع مشغول کارهای معمولی که یک آدم معمولی می‌تواند انجام بدهد، شد. هر کاری که بهش گفتند، کرد. از خدمتکاری بیت امام و اقامتگاه امام از هنگامی که وارد تهران شدند و تا کارهایی که به عهده او گذاشتند، مشغول انجام وظیفه شد و خیلی زود پاداش این صداقت و فداکاری را از خدا گرفت. شهید شد و به لقاء خدا رفت، آنهم نه تنها؛ بچه جوان در شیرخوارگی رها شده و در جوانی بازپس گرفته را هم با خود به میهمانی و ضیافت الهی برد. یاد او گرامی باد. و من از همین جا به خانواده او که زحمت‌های دوران زندان و شکنجه او را با استقامت تحمل کردند و شهادت بزرگوارانه او را با سربلندی پذیرفتند، تبریک و تسلیت عرض می‌کنم.»
ایشان همچنین در یکی از خطبه های نماز جمعه تهران درباره این شهید بیان داشتند:
من همینجا یادی از شهید عزیزمان مرحوم عراقی بکنم که او هم از چهره های بارز و درخشان این انقلاب بود و همین ایام، ایام شهادت او و فرزند جوان عزیزش حسام است. این پدر و پسر هم یکی از چهره‌های درخشان بودند، مخصوصاً خود مرحوم عراقی کسی بود که سالهای سال شکنجه دستگاه را تحمل کرده بود و یکی از پر سابقه ترین و قویترین استوانه های این انقلاب بود.
ایشان در دیدار خانواده این شهید نیز فرمودند: خاطرات شهید عراقی را ما هیچ وقت فراموش نمی کنیم. واقعاً یکی از چهره های کم نظیرمان مرحوم شهید عراقی بود... آن حالت پختگی و همراه با شور و مبارزه را من در کمتر کسی از برادرهایمان به قدر شهید عراقی مشاهده کردم.
مرحوم شهید عراقی یکی از چهره های کم نظیر در صحنه مبارزه و خط انقلاب پیش از پیروزی انقلاب بود. ایشان عنصر شریف و عزیزی بودند که از دست رفتند.
شهیدعراقی جوانی، عمر و نشاط خود را فدای جایگزین نمودن حکومت خدا به جای حکومت طاغوت کرد که همین هم شد و بدین لحاظ بزرگترین حق را به گردن انقلاب همین گونه اشخاص دارند که در دوران اختناق این چنین فداکاری می کردند.
شهید عراقی و همرزمانش از همان ابتدای شروع حرکت انقلاب و روند مبارزه یعنی سال ۱۳۴۲، خیلی جدی به اساسی ترین محور انقلاب یعنی امام متمایل شده بودند و از خط مستقیم به خود به هیچ وجه منحرف نگردیدند.
