این مقامات می‌گویند پروتکل الحاقی که ایران به‌عنوان یکی از تعهداتش در تفاهم‌نامه لوزان و به تبع در توافقنامه هسته‌ای احتمالی به اجرای آن ملزم می‌شود به بازرسان بین‌المللی اجازه سرکشی به تأسیسات نظامی یا «مصاحبه» با دانشمندان هسته‌ای ایران را می‌دهد.
در مقابل این استدلال‌ها، برخی از کارشناسان و مقام‌های ایران، نگرانی‌ها درباره اجرای این سند را کم‌اهمیت جلوه داده و آن را توافقنامه‌ای دانسته‌اند که در حال حاضر در بیش از 100 کشور دنیا در حال اجرا است.
به عنوان مثال آقای عراقچی، عضو ارشد مذاکره‌کننده کشورمان چندی پیش در بخشی از برنامه گفتگوی ویژه خبری، درباره نحوه نظارت آژانس بین‌المللی انرژی اتمی از تاسیسات هسته‌ای کشورمان گفت: «دستور داریم در چارچوب نظام و رژیم‌های متعارف کار کنیم و یکی از این رژیم‌های متعارف بین‌المللی پروتکل الحاقی است.»
«پروتکل الحاقی» یکی از توافقنامه‌های پادمانی آژانس است و جزء وظایف کشورهای عضو معاهده منع گسترش سلاح‌های اتمی (ان‌پی‌تی) محسوب نمی‌شود و تنها به‌عنوان اقدامی اطمینان‌ساز انجام می‌شود. این سند حقوقی امکان بازرسی‌های وسیع و سرزده از تمامی مناطق مورد نظر اعم از تاسیسات اعلام‌شده و نشده را برای بازرسان آژانس بین‌المللی انرژی اتمی فراهم می‌کند.
هرچند برخلاف برخی پادمان‌های دیگر آژانس پیوستن به این پروتکل داوطلبانه می‌باشد؛ اما نحوه عملکرد آژانس و کشورهای غربی و آمریکا به‌گونه‌ای است که آن را اجباری نشان می‌دهد.
در حال حاضر پنج کشور اجراکننده پروتکل الحاقی، کشورهای دارنده سلاح‌های هسته‌ای هستند (روسیه، آمریکا، انگلیس، فرانسه و چین) در حالی که سه کشور دیگر، به همراه رژیم صهیونیستی با آنکه جزء دارندگان سلاح‌های هسته‌ای هستند هرگز آن را امضا نکرده‌اند.
از میان 147 کشور امضاکننده این سند حقوقی که ایران هم جزء آنها است 125 کشور آن را به اجرا گذاشته‌اند، مسئله‌ای که به طرح این استدلال منجر شده که اجرای بندهای این قرارداد برای هیچ‌یک از این کشورها و طبیعتا ایران متضمن نگرانی‌های جدی نیست. با این حال، چنانکه بسیاری از کارشناسان هشدار داده‌اند این استدلال را بنا به دلایل مختلف نمی‌توان منطقی و وارد دانست.
کارشناسان می‌گویند اجرای پروتکل الحاقی برای بسیاری از این کشورها متضمن نگرانی‌های جدی نیست، زیرا دسته زیادی از آنها یا فاقد فناوری هسته‌ای عمده هستند یا به لحاظ جایگاهشان در نظام روابط بین‌الملل حتی با انجام بازرسی‌های تحت پروتکل الحاقی با نگرانی‌های امنیتی مواجه نخواهند شد.
به همین قیاس، برای برخی کشورهای دیگر مانند ایران، سوریه، مصر، آرژانتین، برزیل و... قواعدی دیگر حاکم است که رعایت جوانب احتیاط را برای هرگونه اقدام در این زمینه واجب می‌کنند. این نگرانی‌ها، البته در خلأ شکل نگرفته‌اند و مسبوق به سابقه‌هایی نگران‌کننده‌اند.
سلطه سازمان‌های اطلاعاتی غرب بر آژانس بین‌المللی انرژی اتمی و مناسبات برخی کشورها با یکدیگر و با نظام بین‌المللی را باید از جمله عواملی دانست که موجبات اکراه برخی کشورها و نگاه مشکوک آنها به بازرسی‌های بین‌المللی را فراهم می‌کنند. تجربه مربوط به بازرسی‌های آژانس از عراق در برنامه‌ای موسوم به «آنسکام» که در نهایت زمینه‌های حمله آمریکا و انگلیس به این کشور را فراهم آورد یکی از حوادثی است که به این نگرانی‌ها دامن می‌زند.
دغدغه‌هایی از این دست است که موجب شده غیر از کشورهایی که به جهت نداشتن فناوری‌ها و فعالیت‌های عمده هسته‌ای اساسا نگرانی‌هایی از بازرسی‌های آژانس ندارند، بقیه کشورها سندهایی را امضا کنند که با متن مدل یا پیش‌فرض پروتکل الحاقی تفاوت‌های اساسی دارند. برای آگاهی از اینکه کشورهای دیگر چه تدابیری برای درامان‌ماندن از بازرسی‌های تحت سند مدل پروتکل الحاقی اندیشیده‌اند نگاهی می‌اندازیم به سندهای خاص و سفارش‌شده‌ای که در برخی از کشورها برای جلوگیری از سوءاستفاده‌های امنیتی تحت لفافه بازرسی‌های آژانس طراحی شده‌اند.
هند: سندی تنها برای گزارش صادرات هسته‌ای چین و روسیه: «پروتکل‌های ضعیف» رآکتور هسته‌ای CIRUS هند تحت پادمان‌های آژانس بین‌المللی انرژی اتمی قرار ندارد و تولیدکننده برخی از ذخائر پلوتونیوم تسلیحاتی این کشور بود. هند در سال 2009 نسخه‌ای از پروتکل الحاقی را امضا کرد که با متن پیش‌فرض تفاوت زیادی دارد. در این سند، ماده‌‌ای برای دسترسی به سایت‌های هند دیده نمی‌شود. روزنامه هندو، ضمن اعلام خبر تصمیم دولت هند برای تصویب و اجرای پروتکل الحاقی در تاریخ 23 جولای، ویژگی‌های این سند را چنین توضیح داد: «منابع آگاه خاطرنشان می‌کنند که بر خلاف سند مدل که آژانس با بسیاری از کشورهای غیردارنده سلاح‌های هسته‌ای امضا کرده، پروتکل الحاقی هند، بازرسی‌های سرزده بسیار کمتری دارد. این پروتکل تنها گردآوری داده‌ها از صادرات هسته‌ای هند را در برمی‌گیرد تا اطمینان حاصل شود که این مواد به موادی برای استفاده‌های غیرمجاز تبدیل نشوند.» در پایگاه «فیسایل متریال» (1 جولای 2014) توضیحات بیشتری درباره سند مورد توافق هند و آژانس ارائه شده است: «در حالی که کشورهای غیردارنده سلاح‌های هسته‌ای پروتکل الحاقی مدل را به امضا رسانده‌اند، کشورهای دارنده سلاح‌های هسته‌ای هریک از طریق مذاکره توافق‌های خاص و متفاوتی را با آژانس در خصوص پروتکل الحاقی امضا کرده‌اند.» این توافقنامه‌ها از لحاظ میزان اعطای دسترسی به آژانس با یکدیگر تفاوت زیادی دارند و نسبت به پروتکل الحاقی مدل، محدودتر هستند. هند در سند توافقنامه پروتکل الحاقی با آژانس، به تعهداتی حتی کمتر هم متعهد و تنها به گزارش جزئیات صادرات مواد پایه، اورانیوم و توریوم به کشورهای غیردارنده سلاح اتمی، آن هم در شرایطی که صادرات این مواد هر سال به ترتیب بیش از 10 و 20 تن در سال باشند، ملزم شده است. در این سند افشا شده از سایت ویکی‌لیکس، ضمن آنکه به نگرانی‌ها درباره پروتکل الحاقی هند اشاره شده حقایقی هم درباره سند امضا شده دو کشور چین و روسیه با آژانس آشکار شده است. این دو کشور نیز با آنکه پروتکل‌های الحاقی خود را محرمانه نگاه داشته‌اند، «سندهایی ضعیف» (چنانکه در منابع متعدد به آن اشاره شده) را به اجرا گذاشته‌اند. در سند ویکی‌لیکس که مربوط به نامه‌ای است که به تاریخ 27 فوریه 2009 از دفتر سازمان ملل در وین به وزارت انرژی هند ارسال شده آمده است: «متن ارائه‌شده برای بررسی شورای (حکام)، محدودترین پروتکل الحاقی ارائه‌شده تا به این تاریخ است. علی‌رغم این واقعیت که هند جزء کشورهای رسمی دارنده سلاح هسته‌ای (NWS) نیست، پروتکل الحاقی این کشور حتی به اندازه سندهای پروتکل الحاقی روسیه یا چین هم نیست. این سند، اجازه دسترسی‌های اضافی به بخش‌هایی از برنامه صلح‌آمیز هند که هم‌اکنون هم تحت پادمان‌های آژانس نیستند را فراهم نمی‌کند (یعنی هیچ‌گونه دسترسی مکمل فراهم نمی‌کند) و تنها شرایط گزارش‌دهی درباره صادرات (مواد هسته‌ای) به کشورهای غیردارنده سلاح‌های هسته‌ای (NNWS) را فراهم می‌کند و هیچ گزارشی درباره فعالیت‌های مربوط به کشورهای غیردارنده سلاح هسته‌ای، تحقیقات و توسعه (R&D) یا گزارش‌دهی در زمینه واردات ارائه نمی‌کند.» آمریکا؛ «حق انحصاری یکجانبه» برای منع دسترسی آمریکا در تاریخ 12 ژوئن سال 1998 سند پروتکل الحاقی با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی را به امضا رساند و مجلس سنا در سال 2004 این سند را برای اجرایی‌شدن به تصویب رساند. قانون موسوم به «پروتکل الحاقی آمریکا» قانون توافقنامه پادمانی مصوب سال 1998 که از آن به‌عنوان «پیشنهاد داوطلبانه آمریکا» هم یاد می‌شود را تغییر داده و آن را اصلاح می‌کند. سند «قانون پروتکل الحاقی» آمریکا حاوی بندی به نام «معافیت امنیت ملی» (National Security Exclusion) است که برخی از سایت‌های آمریکایی را از بازرسی‌های آژانس معاف می‌کند. در بند 1(b) از قانون پروتکل الحاقی امریکا آمده است: «آمریکا باید به آژانس اجازه اجرای این پروتکل را بدهد، به استثنای مواردی که اجرای آن به دسترسی آژانس به فعالیت‌هایی منجر شود که از لحاظ امنیت ملی برای آمریکا حائز اهمیت باشند یا اماکن یا اطلاعات مرتبط با این فعالیت‌ها.» «کنث بریل» نماینده آمریکا در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در نامه‌ای به مدیرکل این سازمان به تاریخ 30 آوریل 2002 نکاتی را مطرح کرده که حائز اهمیت است. او در این نامه خطاب به مدیر کل آژانس می‌نویسد: «توصیه به رئیس‌جمهور برای نظرخواهی در زمینه پروتکل الحاقی و موافقت با آن منوط به این امر است که آمریکا اجرای مفاد اصلی قانون پروتکل الحاقی آمریکا را چگونه ببیند.» (نقل از سند اداره نشر دولت آمریکا، گزارش اجرایی سنا، مورخ 26 مارس 2004؛ لینک) در این نامه درباره بند «معافیت امنیت ملی» چند نکته مطرح شده است. اول اینکه، در آن به صراحت عنوان شده که دولت آمریکا بند معافیت امنیت ملی را «حق انحصاری یکجانبه» خود می‌داند و این تصمیم مشمول تفسیر یا اظهارنظر هیچ طرف دیگر نخواهد بود. دوم، به آژانس اطلاع می‌دهد که آمریکا قصد دارد از بند «معافیت امنیت ملی»، «به طور مکرر و کامل» استفاده کند. سوم، به آژانس اطلاع می‌دهد که آمریکا از این بند برای منع نمونه‌برداری‌های محیطی در سایت‌های فعلی و قبلی تولید تسلیحات اتمی استفاده خواهد کرد. وزارت دفاع آمریکا در اطلاعیه‌ای در سال 2008 در توضیح همین ماده که به «استثنائات امنیت ملی» موسوم است می‌نویسد: «وزارت دفاع آمریکا بایستی با اجرای ماده استثنائات امنیت ملی مانع دسترسی آژانس به تمامی مکان‌ها، پایگاه‌ها و تأسیسات فعلی و سابق وزارت دفاع آمریکا و همچنین اطلاعات و فعالیت‌های مربوطه که از لحاظ امنیت ملی مهم هستند بشود.» در ادامه توضیحات پنتاگون درباره مواردی که مشمول معافیت از بازرسی‌های آژانس می‌شوند آمده است: «این موارد تمامی اماکن، ساختمان‌ها، تأسیسات، سازه‌های نصب‌شده و زمین‌های تحت مالکیت یا اجاره وزارت دفاع آمریکا و همچنین تمامی برنامه‌ها، فعالیت‌ها یا اطلاعات مرتبط با دفاع، امنیت ملی یا دفاع از وطن را شامل می‌شوند. این اطلاعات علاوه بر موارد دیگر، عبارتند از: عملیات‌ها و آموزش؛ تولید، نگهداری و تأمین مواد؛ تحقیقات، توسعه، آزمون و ارزشیابی و زیرساخت‌ها و پرسنل.»