ایشان با تأکید بر اینکه برنامه ریزیهای حوزه علمیه در بخش های مختلف بویژه دانش آموختگی و دانشوری، اجرایی و عرصه حکومت باید با هدف پشتیبانی و تغذیه ارتباط با حکومت اسلامی باشد، افزودند: حوزه علمیه پشتوانه اقامه حکم اسلامی است، بنابراین اگر حکومت اسلامی، حکم اسلامی را بخوبی اجرا کند، حوزه علمیه باید با تمام وجود از آن حمایت کند و اگر دچار اشتباه می شود، تذکر دهد.
رهبر انقلاب اسلامی، «برنامه بلندمدت» برای حوزه علمیه را بسیار ضروری برشمردند و خاطرنشان کردند: دراین برنامه ریزی باید اهداف کاملاً مشخص و قابل دستیابی و دارای زمان بندی باشند بگونه ای که برنامه قابل سنجش کمی و همچنین قابل انعطاف باشد.
حضرت آیت الله خامنه ای با تأکید بر اینکه برنامه بلندمدت حوزه باید مبتنی بر یک «طرح تحول حوزه» باشد، افزودند: باید یک «مرکز مطالعات راهبردی» متشکل از نخبگان و فرزانگان هوشمند حوزوی تشکیل و برنامه تحول و دیگر برنامه های راهبردی حوزه، در این مرکز تدوین شوند.
ایشان در پایان سخنان خود، چند توصیه را بیان کردند و گفتند: پرهیز از دیوان سالاری های شبه دولتی، نشست و برخاست مدیران حوزه با طلبه ها، ایجاد فضای انس با قرآن، در میان طلاب، شناسایی استعدادهای برتر، ترویج مطالعه بویژه در زمینه سیرِ تاریخِ علوم حوزه و تفسیر، تربیت مبلغ های قلمی، سخنور و مبلغ فضای مجازی از جمله نکاتی است که باید در حوزه های علمیه توجه ویژه ای به آنها شود.
همچنین حضرت آیت الله خامنه‌ای در این دیدار، هدف از جنگ نرم و پنهان دشمن را «دور کردن مردم از عرصه‌ی جهاد و مقاومت، بی‌اعتنا کردن آنها به آرمانها و تصرف فضای فکری و روحی کشور» دانستند و خاطرنشان کردند: ملت ایران با مقاومت و ایستادگی خود، قدرتهای جهانی را در بسیاری از اهدافشان ناکام کرده و سلطه‌گران با ابزارهای فراوان، تبلیغات هنگفت و گویندگان سخن به مزد و همچنین فشارهای اقتصادی، سیاسی و امنیتی، در تلاش برای مأیوس و از صحنه خارج کردنِ ملت هستند.
رهبر انقلاب اسلامی، ترویج یاد و نام شهیدان را یکی از عوامل مهم در مقابله با این برنامه دشمن و حفظ مقاومت توأم با شوق و طروات در ملت خواندند و افزودند: امروز نگاهبانی یادِ شهداء یک وظیفه است.
رهبر انقلاب سپس در بیان راههای زنده نگه داشتن یاد و راه شهیدان خاطرنشان کردند: یکی از کارهای مهم، «تبیین روحیات و سبک زندگی شهیدان و سابقه و پشتوانه فکری آنان» است تا معلوم شود شهیدی که مخاطب، از شنیدن فداکاریهای او به هیجان می‌آید، در قبال مسائل حساسی همچون اسراف، تعرّض و تجاوز به بیت المال و اشرافی‌گری چگونه عمل می‌کرده است؟
رهبر انقلاب اسلامی، شهیدان را «قله‌های اخلاق اسلامی» و «الگوهایی برای نسل جوان» دانستند و گفتند: هنرمندان برای نشان دادن سیمای نورانی شهیدان به جوانان، باید به میدان بیایند و با استفاده از شیوه‌های مختلف به‌ویژه هنر نگارش و تولید کتابهای کوتاه و خواندنی، واقعیتهای زندگی شهیدان را بدون اغراق و با قلم زیبا و شیوا بیان کنند.
