شیخ نمر سال‌ها اداره حوزه علمیه حضرت قائم(عج) در تهران و سوریه را برعهده داشت و تلاش بسیاری برای توسعه و پیشرفت این مراکز انجام داد. پس از بازگشت به عربستان، مرکز مذهبی «امام القائم(عج)» را نیز در العوامیه تاسیس کرد که در واقع سنگ‌بنای «مرکز اسلامی» در سال 1422 هجری قمری مصادف با 2011 میلادی بود.
تسلط بی‌نظیر شیخ نمر بر معادلات منطقه‌ای
از جمله خصوصیات اخلاقی وی را باید بلندمنشی و وسواس او در مراعات و حفظ اصول و مبادی و ارزش‌های دینی ملاحظه کرد که بازتاب آن به‌خوبی در خط مشی فکری و جهادی‌اش آشکار است. همچنین شیخ، از دیدی باز و آگاه نسبت به حوادث جاری پیرامون خود چه در عربستان و چه در منطقه برخوردار است و همین موجب شده تا دارای دید تحلیلی دقیقی از جریان امور در عرصه‌های اجتماعی و سیاسی باشد که یکی از دلایل آن بنا به گفته وی ارتباط عمیق وی با قرآن و اهل بیت علیهم‌السلام است که همواره روشنگر راه وی در زندگی بوده‌اند.
رژیم عربستان سعودی در حالی شیخ نمر باقر النمر را در سال 2012 بازداشت کرد که پیش از این نیز دو بار و طی سال‌های 2006 و 2008 میلادی، شیخ را بازداشت کرده بود.
نخستین بازداشت شیخ نمر به می 2006 میلادی بازمیگردد، هنگامی که شیخ به محض بازگشت از سفر کوتاه‌مدتش به بحرین و بازگشت به عربستان، به دلیل مشارکت در همایشی بین‌المللی قرآن کریم از سوی نیروهای امنیتی رژیم سعودی بازداشت شد.
اتهام شیخ این بود که در این همایش، در عریضه‌‌ای، از رژیم سعودی خواسته بود به «قبرستان بقیع» رسیدگی کرده، مذهب «تشیع» را به رسمیت شناخته و شیوه‌‌های آموزشی و درسی کنونی حاکم بر عربستان را تغییر داده یا لغو کند؛ همین.
اما بازداشت مجدد شیخ نمر به 23 آگوست 2008 میلادی بازمیگردد که در شهر «القطیف» به دست نیروهای امنیتی رژیم سعودی بازداشت شد. این بار اتهام شیخ برای بازداشت بنابر ادعای رژیم سعودی درخواست از شیعیان مناطق شرقی عربستان برای آماده‌شدن به منظور دفاع از خود و جامعه خویش بود که رژیم ادعا میکرد، این سخنان نمر به معنی تحریک شیعیان عربستانی برای جدایی از حکومت مرکزی بود.
رژیم سعودی از بیم قیام مردمی و خشم و غضب شیعیان مناطق شرقی عربستان شیخ نمر را 24 ساعت پس از بازداشت آزاد کرد. این روحانی برجسته عربستانی یک بار دیگر در مارس 2009 میلادی در معرض بازداشت قرار گرفت.
نمر علیه آل سعود
شیخ نمر همواره در خطابههایش رژیم سعودی را به اعمال سیاست‌‌های تبعیض‌آمیز طایفه‌ای سازمان‌یافته و منظم به‌ویژه در مناطق شرقی عربستان و به‌خصوص در دو منطقه «الاحساء» و «القطیف» متهم میکرد که حدود یک قرن است، بر این مناطق حاکمیت دارد.
وی همواره و بارها تاکید داشته که از گفتن کلام حق، بیم و واهمه‌ای ندارد حتی اگر در این راه بازداشت شده، وارد زندان شود و تحت شدیدترین شکنجه‌ها و آزارها و اذیت‌ها تا سرحد شهادت قرار گیرد.
شیخ نمر توهین به کرامت شهروندان عربستانی به‌ویژه شهروندان شیعی عربستان که از دید رژیم سعودی شهروندان درجه دو این کشور به شمار می‌آیند و فاقد هرگونه حق و حقوق شهروندی هستند، رد و تاکید می‌کند که از کرامت و حقوق شهروندان شیعی عربستانی حمایت خواهد کرد.
وی بارها در این ارتباط تاکید کرده است که در خط اول رویارویی با ظلم و جور رژیم سعودی قرار می‌گیرد چون اعتقاد دارد بدون مبارزه و تلاش نمی‌‌توان به حقوق مدنظر خود دست یافت و عدالتی در کشور برقرار نخواهد شد و شهروندان نمی‌توانند آزاد زندگی کنند.
شیخ نمر در این‌باره در سخنان خود با استناد به خطبه «جهاد» امیرالمؤمنین علی(ع) تاکید دارد که به عدالت جز از طریق جهاد دست نخواهیم یافت و حق جز با از خود گذشتگی و جهاد و شجاعت به دست نخواهد آمد.
وی در خطبه‌های نماز جمعه خود نیز بارها گفته است که شیعیان عربستان، دیگر در برابر توهین‌ها و تعدی‌ها و تجاوزات آل‌سعود سکوت نخواهند کرد و در این باره خطاب به آل‌سعود گفت که «ما ساکت نمی‌مانیم که هر آنچه بخواهید بر سر ما بیاورید؛ هر آنچه بخواهید انجام دهید و کرامت و شخصیت ما را که با ارزش‌ترین چیز در زندگی ماست، زیر پا بگذارید.» شیخ نمر همچنین از مطبوعات و رسانه‌های سعودی به دلیل وابستگی و تبعیت آنها از رژیم سعودی و تبدیل‌شدن آنها به بوق تبلیغاتی آل‌سعود به‌شدت انتقاد می‌کند.وی تصریح می‌کند که مفتی‌های وهابی، ساخته و پرداخته آل‌سعود هستند. به گفته شیخ نمر، آل سعود به مفتی‌های وهابی پول می‌دهند تا با دامن‌زدن به اختلافات طایفه‌ای و مذهبی و ایجاد اختلاف بین شیعیان و اهل سنت، آنها را به خود مشغول کنند و با ایجاد تفرقه مذهبی و طایفه‌ای و قبیله‌ای به حاکمیت خود بر عربستان و غارت و چپاول ثروت‌های آن ادامه دهند.شیخ نمر النمر در یکی از خطبه‌هایش به خاطر مواضع و دیدگاه‌های تندش در قبال رژیم سعودی گفت که «می‌دانم فردا برای بازداشت به سراغ من خواهید آمد. خوش می‌آیید! این منطق و راه و روش شماست: «بازداشت» و «شکنجه» و «کشتار»؛ ما از قتل و کشتار نمی‌هراسیم. ما از هیچ چیز نمی‌ترسیم.»
وی در قبال سرکوبگری‌های رژیم سعودی و مخالفت این رژیم با برگزاری تظاهرات مسالمت‌آمیز و تجمع‌های اعتراض‌آمیز تاکید میکرد که «همواره به دنبال راه‌های دیگری برای ادامه اعتراضات خود و احقاق حقوق‌مان خواهیم بود و تظاهرات، یکی از این راهکارهاست.» این روحانی عربستانی را باید از جمله دشمنان سرسخت «نایف بن عبدالعزیز» ولیعهد سابق رژیم سعودی برشمرد. شیخ نمر، همواره انتقادات شدیدی را به وی وارد میکرد.
وی در یکی از خطابههایش شاهزاده نایف بن عبدالعزیز را به علت شدت خشونت و قساوت و ظلمش علیه مردم عربستان به طور اعم و شیعیان به طور اخص، طاغوت و ستمگر خواند که در قبرش شکنجه خواهد شد و آتش او را خواهد سوزاند و کرم‌ها او را خواهند خورد. او در همین خطبه تاکید کرد که از مرگ نایف خوشحال خواهد شد. وی همواره در خطبه‌های نمازجمعه و خطابههایش نه تنها از آل سعود انتقاد می‌کند، بلکه از منتقدان سرسخت برخی از رژیم‌های عربی حوزه خلیج فارس از جمله آل خلیفه بوده است.
اکنون سوال همه ناظران بین‌المللی و تحلیلگران منطقه‌ای این است که آیا صدور حکم اعدام آیت‌الله نمر النمر، می‌تواند جرقه‌ای بر بشکه باروت خشم ملت عربستان از استبداد و ستمگری روزافزون رژیم خونخوار سعودی و پایانی بر تاریخ سیاه حاکمیت وهابیت بر حجاز و خاستگاه اسلام باشد؟