در طول حیات اخوان المسلمین گاهی دیده شده مجوزهایی برای اعمال خشونت‌آمیز داده شده است. دراین رابطه عده‌ای معتقدند که نه تنها بین این دو جریان رابطه‌ای وجود دارد بلکه گروههای خشونت طلب فرزندان اخوان المسلمین بوده و از این جریان تغذیه و پشتیبانی می‌کنند. لیکن دسته‌ای دیگر خلاف این ادعا را گفته و بر دلایل خود مبنی بر جدایی این دو تفکر اصرار دارند. در ذیل به بررسی و استنادات این دو دسته می‌پردازیم.
مهم‌ترین شواهد و مستنداتی که طرفداران نظریه بیان داشته‌اند به شرح ذیل می‌باشد:
١. اتهام ترور عبدالناصر به اخوان المسلمین درسال ١۹۵۴ و داشتن فعالیت‌های زیرزمینی و مخفی در آن سال‌ها.
۲. نقش ایمن الظواهری درتشکیل، رشد و گسترش القاعده. وی رهبر جهاد اسلامی مصر بوده که زمانی از اخوان المسلمین منشعب شده است.
۳. اشتراک هدف القاعده و اخوان مبنی برآزادسازی اماکن مقدسه و بلاد اسلامی از دست کفار.
۴. تاثیرات عمیق محمد قطب، برادر سید قطب، عبدالله عزام که هر دو از اخوان المسلمین بودند بر اسامه بن لادن.
۵. شباهت ساختارتشکیلاتی اخوان المسلمین با القاعده.
۶. توجه اخوان المسلمین به مسئله جهاد، تشکل جوانان و گروههای نظامی وافزودن توان نظامی.
۷. سران گروههای جهادی زمانی جزء اعضای اخوان المسلمین بوده‌اند مانند:
- شیخ عبدالعزیزعوده مرشد معنوی جهاد اسلامی.
- شیخ احمد یاسین از نوارغزه اندکی پس ازآغازانتفاضه جنبش مقاومت اسلامی معروف به حماس را بنیان گذاشت.
- سازمان آزادیبخش اسلامی، تحت رهبری «صالح سریه» قرارداشت یکی ازجناحهای اخوان المسلمین اردن بود.
- شکری مصطفی، بنیانگذار التکفیرنیزعضواخوان المسلمین بود.
۸. ویژگی‌های مشترک ایدئولوژی بنیاد گرایان و اخوانی‌ها از قبیل:
- دین ودولت: اسلام یک نظام وجودی کلی است، که خصوصیت عالمگیردارد و درهمه زمان‌ها و مکان‌ها قابل اجرا است.
- قرآن وسنت: بنیادهای اسلام عبارتند از قرآن، سنت رسول، سیره پیامبر و صحابه‌اش و نیز خلفای راشدین.
- صراط مستقیم: هدف دعوت به تجدید حیات معنوی، بازگشت به صراط مستقیم است.
- رکن ششم: یک مسلمان باید اطاعت ازاصول ۵ گانه اسلام فراتر برود و برای ساختن جامعه ایده آل، دست به جهاد بزند.
- امت جهانی: هدف نهایی مسلمانان باید استقرار حاکمیت الله برتمامی بشریت باشد. بنابراین، تمامی زمین، موطن اسلامی است.
- عدالت اجتماعی: عدالت اجتماعی واقتصادی به وسیله رفتاراخلاقی معین می‌شود.
- فرمانروایی مشروع: براساس قرآن، حکومت شورایی عمل خواهد کرد و دولت به اجرای شریعت ملزم خواهدشد. قدرت اجرایی، مقید به تعالیم اسلام واراده مردم است.
- جامعه پاک دین: امت اسلامی بایدبراساس عقاید سلفیه و پیروی از پیام پیامبر و زندگی نمونه او، از لحاظ دینی یک جامعه پاک باشد. خانواده سنگ بنای ساخت اجتماعی است.
- وحدت نظریه وعمل: راه اسلام نه راه تصوف، بلکه راه اقدام وعمل است.
۹. مخاطبان مشترک اخوان المسلمین و گروههای تندرو شامل: جوانان، عناصر شهری جدید، ناراضیان سیاسی، عناصرسنتی - بومی، طبقه پایین.
طرفداران واگرایی بین این دو جریان شواهد و مستنداتی بیان می‌نمایند که از جمله می‌توان به موارد ذیل اشاره نمود:
١. مغایرت اهداف اخوان المسلمین و عملکرد گروههای رادیکال:
«اجتناب از جدلهای مذهبی – فرقه‌ای»، «کمک به اقلیتهای اسلامی درممالک اسلامی» و «سیاست گام به گام اخوان المسلمین» با عملکرد گروههای تندرو کاملا متضاد است.
۲. بنیادگرایان تندرو الگوهای رفتاری گروههای شدیدا سازمان یافته را
برمی گزینند و نشانه‌های آن می‌توان به جدیت و مداومت بیشتر نسبت هنجارهای رفتاری دیگر مسلمانان، اعمال خشونت در «تطهیر» و اصلاح جامعه اشاره نمود.
۳. بنیادگرایان تندرو تلاش دارند تا ازشیوه‌های زندگی جامعه پیامبرشدیدا پیروی کنند. اخوان المسلمین تلاش می‌کنند اندیشه‌ها ورویه‌های جدید را درایدئولوژی و رفتارخود بگنجانند. جنبش اخوان المسلمین برپایه اصولی استوار بوده است که مهم‌ترین شاخصه این اصول دعوت و تبلیغ اسلام از طرق مسالمت آمیزبوده است. البته در شرایطی برای دفع متجاوزان خارجی، حرکتهایی صورت گرفته است و یا بودن سازمان مخفی در شرایطی، ناقض این مدعا نمی‌تواند باشد. بنابراین تاکنون دعوت علنی به جهاد فراگیر، از سوی اخوان المسلمین، همانند گروههای رادیکالی که دست به چنین اقداماتی زدند، صورت نگرفته است. از جانب دیگر جدا شدن اغلب رهبران سازمان‌ها و حرکتهای رادیکال از اخوان المسلمین دلیل متقن در ادامه ارتباط ارگانیک و تشکیلاتی، مالی و یا تسلیحاتی بین آن‌ها نمی‌تواند جود داشته باشد. معمولا اعمال و حرکتهای گروههای رادیکال نه تنها ازسوی اخوان المسلمین مورد تایید نبوده، بلکه بعضا مورد تقبیح نیز واقع شده است مانند بروز اختلافات قومی و مذهبی و تعصبات و برداشتهای یکجانبه گرایانه از بعضی از آیات و روایات، کشتار مردم عادی، تکفیر و کناره گیری از جامعه و تخریب آثار باستانی، کشتار مسلمانان دیگر مذاهب و...
نظریه‌ای نیز مطرح است که چنانچه حکومت‌ها اجازه فعالیت بیشتری به اخوان المسلمین و جریانهای مسالمت آمیز دهند، در عمل از رشد گروههای رادیکال و تندروی جلوگیری کرده‌اند. منتقدین این نظریه نیز نتیجه می‌گیرند که گروههای تندرو در کنار اخوان المسلمین در واقع دو روی یک سکه هستند. حکومت‌ها چه به اخوانی‌ها امتیاز بیشتری بدهند و چه ندهند، رشد اسلام گرایی در جامعه را شاهد خواهند بود.
آنچه که مسلم است اخوان المسلمین و تفکرات آن، بسترفکری، فرهنگی، اعتقادی مناسبی جهت رشد و شکوفایی جریانهای رادیکال بوده است. هرجا که اخوان المسلمین و یا شعبه‌ای از آن حضور داشته است، گروه‌ها وسازمانهای اسلامی تندرو نیز دیده می‌شود. از جانب دیگر مشاهده شده است که اخوان المسلمین دربرابر این جریانات رادیکالی، موضعی مسامحه آمیز همراه با ارشاد داشته است. ولی اخوانی‌ها از قبل وجود سازمانهای تندرو، از حکومتهای وقت به کسب امتیازات بیشتر سیاسی رسیده است.