رأی دهندگان همراه بود. طالبان تهدید کرده بود که به حوزه‌های رای گیری حمله خواهد کرد و گزارش‌های اعلام شده نیز حاکی از کشته شدن و زخمی‌شدن بیش از 50 نفر در جریان برگزاری انتخابات بود. طالبان همچنین در اقدامی‌وحشیانه، انگشت سبابه چندین نفر را به دلیل شرکت در انتخابات قطع کرد.
مسئولان بنیاد انتخابات شفاف افغانستان موسوم به تیفا اعلام کرده اند که میزان مشارکت مردم در دور دوم انتخابات ریاست جمهوری نسبت به دور اول کمتر بوده است.در گزارش نظارتی تیفا از دور دوم انتخابات ریاست جمهوری آمده است که زمان برای رای دادن در این دور، به دلیل کمتر شدن شمار نامزدان و همزمان نبودن انتخابات دیگری با آن، نسبت به دور اول کوتاه‌تر شده بود اما با آن هم میزان مشارکت مردم نسبت به دور اول کمتر گزارش شده است.به گفته نعیم ایوب زاده، رئیس تیفا ، ناامنی‌ها در دور دوم انتخابات بیشتر بوده و این موضوع به نحوی تاثیر منفی بر مشارکت مردم گذاشته است.
یوسف نورستانی رئیس کمیسیون مستقل انتخابات اما ساعاتی پس از پایان رای دهی اعلام کرد که میزان مشارکت در دور دوم انتخابات بیش از ۷ میلیون بوده است.اما اختلاف نظر در میزان مشارکت مردم، بین یکی از دو نامزد دور دوم انتخابات ریاست جمهوری و کمیسیون انتخابات مشکلاتی را ایجاد کرد.
نتایج اولیه حاکی از پیش بودن اشرف غنی است در حالی که قبل از این، پیش بینی می‌شد عبدالله عبدالله با فاصله زیادی پیروز این دور از انتخابات خواهد بود. عبدالله عبدالله، نتیجه جاری را حاصل تقلب و دخالت مؤسسات دولتی برگزار کننده انتخابات به نفع اشرف غنی دانسته و روز چهارشنبه خواستار توقف شمارش آرا شد. وی همچنین تمام روابط تیمش را با این کمیسیون به تعلیق درآورد.
در این حال، مسئولان تیفا همچنین می‌گویندکه ناظران این نهاد صدها مورد تخطی را در روز انتخابات ثبت کرده اند: پرشدن صندوق‌ها به نفع نامزد مشخص، رای دادن افراد زیر سن قانونی، چند بار رای دادن، بی‌کیفیت بودن رنگ، تبلیغ برای نامزدان، درگیری هواداران نامزدان و کمبود برگه‌های رای‌دهی.
همچنان تیفا در بخش مدیریت انتخابات، از شیوه نادرست انتقال مواد حساس انتخاباتی انتقاد کرده و آن را دلیلی دانسته که امکان تقلب در انتخابات را فراهم کرده است.آماری که تیفا از تخلفات انتخاباتی در دور دوم اعلام می‌کند اینگونه است که:
پرشدن صندوق‌ها به صورت غیر قانونی در ۲۱۸ مرکز
رای دادن بدون رنگ کردن انگشت در ۱۸ مرکز
رای دادن بیش از یک مرتبه در ۳۳۷ مرکز
درگیری مسلحانه هواداران نامزدها در ۱۴ مرکز
رای دادن افراد زیر سن قانونی در ۵۸۱ مرکز
تبلیغات در جریان انتخابات در ۵۱۲ مرکز
کمبود برگه‌های رای در ۴۱۱ مرکز
بی‌کیفیت بودن رنگ در ۳۲۲ مرکز
تاخیر در آغاز رای‌گیری در ۴۱۸ مرکز
رای دادن مردان به جای زنان در ۲۱۳ مرکز
عبدالله عبدالله در انتخابات سال 2009 میلادی نیز ادعای تقلب را مطرح کرد و همواره بر این مسئله تاکید داشته است که تنها عاملی که می‌تواند مانع از پیروزی وی در انتخابات شود، تقلب گسترده خواهد بود.
با این حال، وزارت کشور افغانستان اعلام کرده است تحقیقات در خصوص ادعاهای مطرح شده از سوی عبدالله عبدالله آغاز شده ولی بعید به نظر می‌رسد که نتایج این تحقیقات برای عبدالله راضی کننده باشد.