کنگره دوم حزب بعد از دو سال (در سال ۱۳۶۴در مسجد مدرسه عالی شهید مطهری بهارستان تهران) برگزار گردید و شورای مرکزی منتخب کنگره اول تأیید و به کار خود ادامه داد. در این کنگره‌ها چهار نوع از اشخاص شرکت داشتند.
۱– اعضاء حزب که به نمایندگی از سوی حوزه‌های (تهران – شهرستان‌ها – خارج از کشور) که طی انتخاباتی در درون حوزه‌ها برگزیده شده بودند انتخاب و به کنگره راه یافتند و اعتبارنامه برای آن‌ها صادر گردید. علا‌وه بر اعضاء منتخب حوزه‌ها اعضاء شورای مرکزی – هیات اجرائی – کارکنان دفتر مرکزی – دبیران دفا‌تر شهرستان‌ها و استانهای حزب نیز شرکت داشتند. ۲– ناظرینی که طرفدار حزب و در مسئولیت‌های مملکتی بودند شرکت افتخاری بدون حق رأی داشتند. ۳– میهمانان طرفدار حزب که فقط در مراسم افتتاحیه شرکت نمودند. ۴– کارگزاران اجرایی که شامل کارمندان حزب بوده است.
شوراهای مرکزی حزب
مؤسسین حزب در بدو کار سی نفر از اقشار مختلف را به منظور اداره حزب دعوت به همکاری نموده و شورای مرکزی اولیه را تشکیل دادند – این افراد از اقشار مختلفی چون (روحانی – استاد دانشگاه – معلم و فرهنگی – دانشجو – بازاری و کاسب – اداری و کارمند و بانوان) تشکیل می‌شدند و بعضی از آن‌ها سوابق مبارزاتی در احزاب و گروه‌ها نظیر (جمعیتهای مؤتلفه اسلامی– حزب ملل اسلامی– جنبش مسلمانان مبارز – نهضت آزادی – وکلا‌ی مسلمان – اعضاء انجمنهای اسلا‌می‌در ایران یا هند یا آمریکا) داشتند. این شورا تا کنگره اول مسئولیت اداره حزب را به عهده داشت. که اسامی‌آن‌ها ذیلا‌ً می‌آید:
آقایان: (آیت‌الله دکتر بهشتی – حجت الا‌سلا‌م والمسلمین دکتر باهنر – آیت‌الله خامنه‌ای– آیت‌الله هاشمی رفسنجانی – آیت‌الله موسوی اردبیلی – دکتر علی اکبر ولا‌یتی – سید علی اکبر پرورش – دکتر عباس شیبانی – حبیب‌الله عسگراولا‌دی – اسدالله بادامچیان– محمدصادق اسلامی– سیدرضا زواره‌ای – میرحسین موسوی – جواد منصوری – مهندس سیدمصطفی میرسلیم – دکتر عباسپور – حسن اجاره‌دار (حسنی) – مالکی – سرافراز – مهدی عراقی – علی درخشان – دکتر حسن آیت – جلا‌ل‌الدین فارسی – علیرضا محجوب – فرزاد رهبری – مهدی هاشمی – دکتر عبدالله جاسبی – حجت الا‌سلا‌م مسیح مهاجری – ابوالقاسم سرحدی‌زاده – دکتر محمود کاشانی – زورق – دکتر حسن غفوری‌فرد – داریوش فروهر – دکتر غلا‌معلی حداد عادل – سیدکاظم بجنوردی – محمدخان – مصطفی حائری‌زاده – دکتر حسین نمازی – خانم دکتر غفوری – حجه‌الا‌سلا‌م محمد منتظری – سید ابوالحسن بنی‌صدر – صادق قطب‌زاده و خانم مرضیه حدیدچی معروف به دباغ.) البته لا‌زم به تذکر است که چند نفر از اشخاص فوق بیش از چند جلسه در شورای مرکزی شرکت نکرده و سپس حزب را ترک نمودند مانند دکتر غلا‌معلی حداد عادل، دکتر حسین نمازی، خانم مرضیه حدیدچی (دباغ) و خانم دکتر غفوری. دکتر محمود کاشانی پس از حذف نامش در ائتلا‌ف بزرگ (مجلس اول) حزب را ترک نمود – حجت الا‌سلا‌م محمد منتظری پس از سفر به لیبی و انعقاد قرارداد که بدون اجازه غرب بود از شورا کنار گذاشته شد که پس از فرار بنی‌صدر صحبت شرکت مجدد او در شورا بود که حادثه هفت تیر اتفاق افتاد – و از آنجایی که حزب می‌خواست همه اشخاص را با سلیقه و افکار مختلف زیر پوشش بگیرد از بنی‌صدر و قطب‌زاده و داریوش فروهر و دکتر پیمان نیز دعوت به عمل می‌آورد. لیکن بنی‌صدر به دلیل حضور قطب‌زاده نیامد و قطب‌زاده پس از چند جلسه شرک نمودن بافت شورای مرکزی را مطابق میلش نیافته آن را ترک می‌کند. داریوش فروهر نیز بیش از یک جلسه شرکت نکرد و دکتر پیمان هرگز به حزب نیامد.
در کنگره اول حزب (اردیبهشت سال ۶۲) پس از اصلا‌ح تشکیلا‌ت که شورای فقهاء و شورای داوری نیز به وجود آمد با رأی اعضاء کنگره اشخاص زیر انتخاب شدند:
۱– شورای فقهاء – آیات و حجج اسلا‌م آقایان (هاشمی رفسنجانی – ربانی املشی – احمد جنتی – محمد مومن) ۲– شورای داوری – آیات و حجج اسلا‌م آقایان (خامنه‌ای – هاشمی رفسنجانی – ربانی املشی – واعظ طبسی – موحدی کرمانی) ۳– شورای مرکزی – آقایان (آیت‌الله خامنه‌ای – آیت‌الله هاشمی رفسنجانی – آیت‌الله ربانی املشی – آیت‌الله موحدی کرمانی – دکتر علی اکبر ولا‌یتی – حجت‌الا‌سلا‌م والمسلمین واعظ طبسی – حجت الا‌سلا‌م والمسلمین علی اکبر ناطق نوری– سید علی اکبر پرورش – دکتر عباس شیبانی – محمدرضا بهشتی (فرزند شهید بهشتی) – حجت‌الا‌سلا‌م والمسلمین محمدعلی دری نجف‌آبادی – حجت‌الا‌سلا‌م مسیح مهاجری – دکتر حسن غفوری‌فرد – مهندس میرحسین موسوی – حبیب‌الله عسگراولا‌دی– حجت‌الا‌سلا‌م محسن دعاگو – ابوالقاسم سرحدی‌زاده – مهندس غلا‌محسین شریفخانی – مهندس محمدرضا باهنر – سید اسدالله لا‌جوردی – اسدالله بادامچیان – جواد منصوری – سیدرضا زواره‌ای – دکتر عبدالله جاسبی – مهندس مرتضی نبوی – سعید امانی – حجت‌الا‌سلا‌م محی‌الدین فاضل هرندی – مهندس سیدمصطفی میرسلیم – حسن اصغرنیا – حجت‌الا‌سلا‌م دکتر اژه‌ای.) و به عنوان افراد ذخیره آقایان مصطفی حائری‌زاده و حسین کمالی نیز انتخاب شدند.
