تاسیس موتلفه اسلامی در منزل امام را باید به دلیل ارتباط گسترده آنها با علما دانست که سرانجام در منزل نورانی امام خمینی به ائتلاف هیاتهای نخستین منتهی گردید. این ارتباط پس از تاسیس نیز حفظ شد تا آنجا که در پرونده اغلب علمای شاخص حتی بزرگانی همچون علامه امینی صاحب الغدیر نیز اسنادی از ملاقاتهای اعضای این حزب به چشم می خورد.

بی شک حوزه علمیه مشهد به دلیل وزن سنگین حوزویش از این قاعده استثناء نبود و در این میان شخصیت ممتازی همچون آیت الله العظمی میلانی که در جایگاه مرجعیت قرار داشت، بیش از دیگر علما مورد تماس یاران موتلفه اسلامی قرار می گرفت. تا آنجا که برخی مورخین به غلط گمان برده اند که موسس این حزب، آیت الله میلانی بوده است و یا نوشته اند مرجع موتلفه آن بزرگوار بوده است. اما در واقع این ارتباط برای مجاهدان موتلفه اسلامی ذیل رهبری امام تعریف شده بود. آنچنان که حاج ابوالفضل توکلی بینا در خاطرات خود می نویسد: «امام خمینی در مواقعی برای ارتباط با علما و مرجع تقلید از برادران عضو جمعیت موتلفه اسلامی استفاده می‌کرد. کما اینکه هرگاه ضرورت ایجاب می‌کرد که امضای آیت‌الله العظمی میلانی در زیر اعلامیه‌ای قرار گیرد، امام بنده را برای گرفتن امضا به مشهد می‌فرستاد»

شاخص ترین مواردی که موتلفه اسلامی در ارتباط با آیت الله میلانی بود، چاپ اعلامیه ایشان علیه لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی، هجرت علما به تهران پس از بازداشت امام در 15 خرداد و تایید مرجعیت ایشان، اعلام فتوا در خصوص مهدور الدم بودن حسنعلی منصور و شاه و ... است.

حاج ابوالفضل توکلی بینا در ذکر خاطره ای از تحریم همه پرسی لوایح ششگانه می گوید «وقتی قرار شد تا امضای آیت الله میلانی نیز پایین اعلامیه مربوط به همه پرسی درج شود، امام اینجانب را به مشهد فرستاد تا اعلامیه مزبور را به آنجا ببرم. پیش از حرکت امام به بنده فرمود: اگر آیت الله میلانی اعلامیه را امضا کرد، آن را نزد آقای قمی هم ببر و از ایشان امضا بگیر، ولی اگر آیت الله میلانی اعلامیه را امضا نکرد، دیگر لازم نیست آن را نزد آقای قمی ببری...» این خود گویای اهمیت آیت الله میلانی در نزد امام است.

یکی از فعالیت های شاخص آیت الله میلانی در پرونده شهید سپهبد قرنی بوده است که آشنایی آنها در همین جلسات مورد اشاره توکلی بینا صورت می گیرد. جلال الدین فارسی در این خصوص می نویسد « در مدت اقامت آقای میلانی در تهران، در میان افراد مختلفی که به خدمت ایشان شرفیاب می شدند مرحوم سپهبد قرنی - که سرتیپ بازنشسته ای بود - شرفیاب می شود. قبلابه اتهام تدارک کودتا دستگیر شده و چون جرمش به اثبات نرسیده بود او را از معاونت اداره دوم ارتش برکنار و بازنشسته کرده بودند. با مشاهده شرایط سیاسی مساعد برای اقدام علیه شاه، ضمن تماس با مرحوم میلانی از امکان موفقیت در براندازی رژیم با ایشان صحبتی می کند. ضمنا یادآورد می شود در جریان این کار عده زیادی کشته خواهند شد و از وجه شرعی چنین اقدامی که توام با استقبال از شهادت یا کشته شدن عده ای خواهد بود استفسار می نماید. آقای میلانی می فرمایند: <اگر با موفقیت توام باشد اشکالی ندارد.> برای اینکه تماس آن شخصیت نظامی - با سابقه کودتایش - با این مرجع ضدرژیم پنهان بماند واسطه ای میان خود قرار می دهند. این واسطه، مرتضی جزایری، از خویشاوندان نزدیک مرحوم میلانی است... قرنی و دو نفر از دستیارانش دستگیر شدند چون نمی توانستند او را مثل دیگران شکنجه کنند او را بی خوابی می دادند که شکنجه ای طاقت فرساست. با وجود این، مرحوم قرنی چیز قابل توجهی نمی گوید. در مورد آقای میلانی فقط می گوید: "به ایشان عرض کردم کاری که شما آقایان مراجع به آن دست زده اید و به واقعه 15 خرداد کشیده ممکن است به حوادث خونین دیگری بینجامد و عده ای کشته شوند. آیا هیچ فکر عاقبت کار را کرده اید؟ ایشان فرمودند اگر موفق بشویم اشکالی ندارد." ساواک که عهده دار تحقیق در پرونده است نمی تواند به صحت و سقم اظهارات مرحوم قرنی پی ببرد؛ مگر اینکه از آقای میلانی هم تحقیق کرده آن دو اظهارات را با هم بسنجد تا اگر مطابقت داشتند بدانند اظهارات مرحوم قرنی درست است وگرنه تحت فشار یا حتی شکنجه حقیقت را کشف کنند.»

در این میان رابطه دوستان موتلفه با آیت الله میلانی کارساز می گردد. قرنی و دو همکارش ممنوع الملاقات می شوند اما در آن ایام شهید دکتر باهنر، دوره محکومیت 9 ماهه ای را در قزل قلعه می گذرانده است. قرنی در آنجا با ایشان تماس گرفته از ایشان می خواهد پس از آزادی، پیامی را در این زمینه به آیت الله میلانی برسانند که میزان اعتراف او چقدر بوده است.

جلال الدین فارسی در ادامه خاطره خود می گوید « شهید باهنر، پیام و جزئیات امر را با بنده در میان گذاشت. بی درنگ در نامه ای برای مرحوم میلانی درج کردم و به کمک آقای حاج جواد مقصودی توسط پیکی به مشهد و خدمت ایشان فرستادم.مرحوم میلانی، تا این زمان در برابر اصرار رئیس ساواک که می خواست درباره رابطه شان با قرنی از ایشان سوال و نوعی بازجویی کند مقاومت کرده و با مماطله می گذراندند. بعضی از آگاهان سیاسی مشهد که نظر مشورتی به ایشان می دادند بر مقاومت و جواب رد، اصرار می ورزیدند. با وصول نامه بنده، مرحوم میلانی موافقتشان را برای جوابگویی به رئیس ساواک اطلاع دادند. پاکروان به بهانه زیارت به مشهد و خانه ایشان رفت و موضوع را مطرح ساخت. ایشان با همان سادگی ظاهری و صفایی که داشتند عین پاسخ هایی را که مرحوم قرنی در بازجویی کاملاسری خود داده بود اظهار نمودند. پاکروان خوشحال از موفقیت در انجام بازجویی از یک مرجع تقلید، به تهران بازگشت. ساواک به غلط تصور کرد قرنی حقیقت را گفته است. در نتیجه مرحوم قرنی و دو دستیارش کیفر سبکی دیدند و پرونده مرحوم آیت الله العظمی میلانی طوری بسته شد که دشمنان اسلام در ساواک و رژیم نمی خواستند. فقط ایشان ماند و طعنه های همان "آگاه سیاسی" مشهد که "آقا، با پذیرفتن پاکروان، خودش را سبک کرده است. بهتر بود که او را نمی پذیرفتند." »

این ارتباط در دوره فعالیت موتلفه دوم که به مدیریت شهیدان رجایی و باهنر و همچنین جلال الدین فارسی بود نیز ادامه یافت. فارسی در این خصوص می گوید «در تابستان 1347 به دنبال زلزله ویرانگر جنوب خراسان، بازاریان متدین [که تامین کننده هزینه فعالیت های اجتماعی موتلفه در آن سالها بودند] هزینه سرپرستی و تحصیل یکصد یتیم آن منطقه را عهده دار شدند. شهید دکتر باهنر به این منظور عازم مشهد شد و بنده ایشان را همراهی کردم. همین که خدمت مرحوم میلانی رسیدم شروع به گله گذاری از مهندس بازرگان و نهضت آزادی و فرمودند "به آنها گفتم لیست 40 یا 50 نفر از دوستان مورد اعتمادتان را بدهید تا اگر کاری پیش آمد، از وجودشان استفاده کنیم. ندادند" حدس زدم مشاور سیاسی ایشان مرا از اعضای نهضت آزادی معرفی کرده است. عرض کردم بنده هیچ گاه عضو نهضت آزادی نبوده ام. آنگاه هدفم از فعالیت در رابطه با آن سازمان و دقایق کارم با هیاتهای موتلفه را شرح دادم. یاد آور شدم متن بازجویی و پیام قرنی، همچنین نسخه ای از منشور نهضت اسلامی [منتخب سخنان امام که توسط شورای مرکزی موتلفه دوم تدوین و تکثیر شده بود] را بنده خدمتشان فرستاده ام. با شنیدن این توضیحات منقلب شدند و بنای عذرخواهی گذاشتند و چندین بار پوزش خواستند؛ به طوری که تردید کردم آیا می بایست چنین توضیحی می دادم یا نه؟ بعد هم عرض کردم اگر لازم باشد بنده یا آقای باهنر، لیستی از 40 یا 50 نفر از اشخاص متدین و فداکار و مورداعتماد خدمتتان تقدیم کنیم»[1]

این ارتباط میان موتلفه با آن عالم بزرگ ادامه یافت تا سرانجام وی در آخرین روز رجب المرجب و در حدود سه سال و نیم مانده به پیروزی انقلاب اسلامی به علت ابتلا به سرطان درگذشت و در جوار مرقد علی بن موسی الرضا علیه السلام به خاک سپرده شد.