بنده همچنین با شاخص هایی که بود نشان دادم که  این دولت، روحانیت ومرجعیت را قبول ندارد.آیت‌الله حاج شیخ محمد جواد فاضل لنکرانی همچنین با اشاره به سفر چند سال گذشته مقام معظم رهبری به قم افزود: حتی در جلسه ای که ایشان حضور داشتند و در جلسه با جامعه مدرسین خدمت مقام معظم رهبری عرض کردم که آن خطری که ملاحظه می کنیم این است که آن دینی که روحانیت به جامعه منتقل کردند و امام و مراجع دارند را این ادولت قبول ندارد و خطر بزرگ همین است.وی تاکید کرد: انحرافات فرهنگی پدید آمده در هشت ساله گذشته در جامعه به مراتب از انحرافات اقتصادی بیشتر است . این استاد حوزه علمیه قم در بخش دیگری از سخنانش درباره انتخابات یازدهم ریاست جمهوری گفت: وفاداران به نظام باید همه تلاش خود را بگذارند که انتخابات باشکوه برگزار شود و مردم مطمئن باشند شخصی که روی کار آمده هم برای دین ارزش قائل است هم برای نخبگان. هم برای مردم ارزش قائل است و هم برای قانون. وی اظهار داشت: ما باید دغدغه داشته باشیم که دولتی که بر کار می آید واقعا مرجعیت را به عنوان یک نهاد مهم و قابل تبعیت برای خودش بداند.این استاد حوزه علمیه قم افزود: همه باید منسجم باشیم که دولت آینده در مسیری باشد که امام برای انقلاب معین کرد که مسیر امام همین ولایت فقیه است و ما اکنون می بینیم در عمل ولایت فقیه را قبول ندارد و تنها در لفظ می گویند که تابع هستند.آیت‌الله حاج شیخ محمد جواد فاضل لنکرانی با ذکر خاطره ای افزود: برخی ها مدعی اند که خودشان مستقیما با امام زمان(عج) ارتباط دارند و دیگر نیازی به روحانیت و ولایت فقیه ندارند. بنابراین اگراین فرهنگ در جامعه حاکم شود و روحانیت از انقلاب جدا شود ،‌انقلاب جوهره  خود را از دست خواهد داد. وی تاکید کرد: هر چه نیروهای اصیل انقلاب و گروه های وفادار، معتقد و راستین حول یک محور و برنامه و  گروه اتفاق پیدا کنند قطعا به مصلحت نظام است و غیر از این صحیح نیست و این امری روشن است. وی درباره تائید صلاحیت نامزدها گفت: ما از شورای نگهبان انتظار داریم دقت بیشتری کنند .مسوولیت اصلی متوجه آن هاست .مسامحات را باید کنار گذاشت بیت المال کشور به افرادی که صلاحیت دارند سپرده شود.آیت‌الله فاضل لنکرانی با ابراز امیدواری برای روی کارآمدن دولتی که اشکالات گذشته را حل کند بیان داشت: دولت یازدهم باید پایبند به وصیت امام و رهنمودهای رهبری و تذکرات مراجع و در خدمت مردم باشد.