رهبر معظم انقلاب در پیامی درگذشت آیت‌الله مجتبی تهرانی را تسلیت گفتند و فرمودند: این حادثه ناگوار، ضایعه‌ای برای حوزه علمیه و جامعه مذهبی تهران است.
رهبر معظم انقلاب در پی درگذشت آیت‌الله مجتبی تهرانی پیام تسلیتی بدین شرح صادر کردند:

بسم الله الرحمن الرحیم

با تأسف و تأثر فراوان، خبر درگذشت عالم عامل ربّانی، مرحوم آیت الله آقای حاج آقا مجتبی تهرانی رحمت الله علیه را دریافت کردم.
این حادثه ناگوار، ضایعه‌ای برای حوزه‌ی علمیه و روحانیت و جامعه‌ی مذهبی تهران و به ویژه ارادتمندان و شاگردان ایشان و جوانانی است که از مجالس پر فیض و درس‌های سازنده‌ی این معلم اخلاق بهره می‌بردند.
اینجانب تسلیت صمیمانه‌ی خود را به آن بیت شریف و بازماندگان، بویژه اخوی بزرگوار و نیز به همسر مکرّم و آقازادگان ارجمند و دیگر بازماندگان این بیت شریف تقدیم داشته، علوّ درجات آن فقید سعید را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.

سیّد علی خامنه‌ای
۱۳ / دی ماه/ ۱۳۹۱