اما گیلان دژ تسخیر ناپذیر تمامی کشورهای وارد شده به ایران بود و میرزا کوچک خان که یکی از مجاهدان جنبش مشروطه بود و در فتح تهران نقش داشت به‌همراه یارانش در صدد ایجاد پایگاه مبارزه با سلطه بیگانگان در جنگلهای گیلان برآمد.
گردانندگان نهضت جنگل مثل شیخ علی علم الهدی، سید عبدالوهاب صالح ضیابری سید محمود روحانی، شیخ محمود کسمائی، شیخ بهاءالدین املشی، شیخ عبدالسلام و خود میرزا کوچک همه روحانی بودند.
نهضت جنگل تحت زعامت کمیته اتحاد اسلام بود و حتی قوای روسیه و انگلیس برای عبور از ایران مجبور به پذیرش شرایط نهضت جنگل بودند. نهضت جنگل در کنار همه اقدامات داخلی خود به جنگ با نقشه روسها رفت در این تقابل حکمران گیلان(مفاخرالدوله) و روسها قرار شد یکی از خانهای محلی بنام عبدالرزاق شفتی را با 200 تفنگدار به سرکوبی میرزا بفرستند که میرزا او را شکست داد. ضرغام السلطنه، امیر مقتدر و سردار مقتدر از طوالش که مامور براندازی جنگلی ها بود جنگید و آنان را شکست داد. نهضت جنگل با مفاخرالملک که با همکاری روس به جنگ میرزا آمده بود جنگید و او را با 700 تفنگدار شکست داد. و مستقیما با روسها در ماکلوان فومن وارد جنگ شدند که نیروهای روسی شکست خوردند.
نهضت جنگل مجددا در ماسوله با قوای روسی جنگیدند و آنان را شکست دادند. نهضت جنگل با روسهای تزاری در منجیل هم جنگ نمایانی کرد و آنان را شکست داد. سرانجام میرزا کوچک خان طی مذاکراتی با روسها به معاهده ای رسیدند. هوشیاری میرزا در این معاهده موجب شد که نیروهای روس هنگام خروج از ایران دست به چپاول و غارت نزنند.
نهضت جنگل با انگلیسی ها و قوای انگلیس هم مذاکراتی داشتند. انگلیسی‌ها طی مذاکراتی با نهضت جنگل گفتند پادشاه انگلیس حاضر است با کمال میل حکومت جنگل را در ایران به رسمیت بشناسد.میرزا می گوید درست است که پیشنهاد شما صد در صد به نفع ماست ولیکن جنگل معتقد نیست که در روش متخذه خویش تغییراتی بدهد و زیر بار چنین معامله ای برود و بنابراین قبول چنین پیشنهادی از ما ساخته نیست. برای من و همکارانم تشکیل یک حکومت مقتدری زیر نفوذ شما مقرون به افتخار نخواهد بود. پس از عدم قبول میرزا، انگلیسی‌ها به قصد عبور از رشت سنگرهای جنگلی ها را به شدت مورد هجوم قرار دادند و درگیریهای پارتیزانی فراوانی همواره بین جنگل و انگلیسی ها رخ می داد و قحطی مصنوعی درست کردند تا مردم نسبت به نهضت جنگل بدبین شوند.
وقتی نهضت جنگل به پادگان انگلیسی در رشت حمله کردند(مرداد1297) همین امر موجب شد معاهده ای بین نهضت جنگل و انگلیسی‌ها تنظیم شود.چون انگلیسی ها مدام مورد هجوم قوای جنگل قرار می گرفتند تصمیم به مذاکره و معاهده گرفتند در عین حال که جنگلیها از قحطی بوجود آمده نگران بودند ولی بی میل به متارکه ی جنگ هم نبودند لیکن در گفتگو و مذاکره حواسشان جمع بود تا نقطه ضعف نشان ندهند.
البته انگلیسی ها پس از تنظیم این قرارداد به دنبال تزلزل در بین نیروهای جنگل بودند. وقتی وثوق الدوله(نخست وزیر)حکمرانی را بنام تیمور تاش در 18 اسفندماه 1297 به گیلان فرستاد.این حکمران از نقشه های انگلیسی ها حمایت کرد. وقتی نقشه های انگلیسی ها گرفت حاجی احمد کسمائی یکی از نزدیکان میرزا را تامین پنهانی(برگه امنیت جان) دادند و انگلیسی‌ها در گیلان نهضت جنگل را تهدید به حمله کردند، بین قوای جنگل دو دستگی رخ داد. یاران میرزا زیر بمبارانهای هواپیماهای انگلیسی جان دادند و میرزا به فومنات بازگشت او خود را در مقابل دولت مرکزی و انگلیسی تنها یافت. در 1919 که ایران قراردادهای ننگین با انگلیس امضاء کرد نیروهای انقلابی و مذهبی از جمله نهضت جنگل را به تعجب واداشت. از نظر نهضت جنگل این قراردادها استقلال ایران را به مخاطره انداخت. وثوق الدوله(نخست وزیر)به میرزا کوچک وعده داد تا در صورت حمایت از قرارداد(بین ایران و انگلیس)امتیازاتی به وی بدهد که میرزا تسلیم او نشد.
سران انگلیس هم به میرزا پیشنهاد دادند به سیاست انگلستان اعتماد کند تا پادشاه انگلستان هم سیاست داخلی میرزا را به رسمیت بشناسد ولی میرزا کوچک زیر بار حمایت از این قرارداد نرفت.
میرزا کوچک در انتهای عمر شریف خود دست به نگارش نامه هایی برای دولتها، سران و یا فرماندهان زد و در آبان1300 به امید گردآوری مجدد دوستان و یاران نهضت به سوی کوههای خلخال راه افتاد و در برف و بورانهای کوه ها از پای درآمد و بدست دشمنان قدیمی اش در 11 آذر 1300 سر از تنش جدا شد و بدین گونه با شهادت میرزا کوچک دولت مرکزی و دشمنان خارجی نفسی تازه کردند.
رهبر معظم انقلاب اسلامی در توصیف نهضت جنگل چنین فرمودند: میرزا کوچک مرد تنهایی بود که به 2 قدرت بزرگ آن روز دنیا یعنی روسها و انگلیسی‌ها یک نه بزرگ گفت . اما در کنار او کسانی بودند که می خواستند با دستگاه حکومت آن روز بعد هم با رضاخان که تازه می خواست در کار بیاید مبارزه کنند آنها به روسها پناه بردند به باکو رفتند و بند و بستهایشان را کردند و به ایران بازگشتند و سرسپرده آنها شدند. اما میرزا کوچک خان قبول نکرد ... (12/2/1380 در رشت)
نهضت جنگل دارای مرامنامه بود و سالها به حفاظت از اعتقادات و جان و ناموس مردم پرداخت. در برابر بیگانگان و دولت مرکزی ایستادگی کرد و
نمونه‌ای از دولت اسلامی را به نمایش گذاشت و به عمران و آبادانی گیلان پرداخت. اما برخی یاران میرزا در اثر فشار زیاد عقب نشینی کردند و نیروهای نفوذی از درون نهضت جنگل و جمعی که از ناحیه روسها حمایت می شدند سعی داشتند نهضت جنگل را متلاشی کنند. فشارهای خارجی و وادادگیهای داخلی سرانجام به شکست نهضت جنگل انجامید.
به روح بلند این سردار بلندآوازه گیلان زمین دورد می فرستیم
* دبیرحزب موتلفه اسلامی در استان گیلان