آیت‌الله بهجت(ره) که شاگرد ایشان بود فرمودند: «آقا سید ابوالحسن اصفهانی(ره) برای یکی از علماء سنّی مجلس فاتحه اقامه کرد. شخصی به ایشان اعتراض می‎کند که چرا از سهم امام اینگونه مجالس را برگزار می‌کنید؟ ایشان به شخص معترض ورقه سبزی را نشان داده بود که بنابر نقل، به خط و امضای حضرت غایب(عج) بود و ایشان هم یقین کرده بود که ورقه از جانب حضرت است و به مرحوم سید اجازه داده بود که: «سهم امام را در آنچه موجب اعتلای مذهب حق است، صرف نماید.»

شهامت سید در صدور فتوا نیز بی‌نظیر بود. در آنچه استنباط می‌کرد و به نظرش صحیح می‌رسید از کسی باکی نداشت. از جمله فتاوای جنجالی‌اش، نظریه وی درباره عزاداری محرم بود. بر این باور بود که قمه‌زنی و زنجیرزنی و کوبیدن طبل‌ها و برخی دیگر که در ایام محرم و روز عاشورا مرسوم بود، از نظر شرع اسلام حرام است. این فتوا باعث اختلافات و سر و صدای شدید شد و برخی از وعاظ در سخنرانی‌های خود ایشان را به سختی مورد انتقاد و حتی اهانت قرار دادند؛ ولی وی هرگز حاضر نشد از فتوا و عقیده خود دست بردارد و خوشایند برخی سخن بگوید و فتوا صادر کند.

ایشان همچنین در مقابل استعمارگران وحشی و مزدوران داخلی‌شان ایستادگی می‌کرد و با فتاوای خود مردم را به ایستادگی در مقابل آنان ترغیب می‌ساخت و در این راه مقدس نیز مرارت‌ها و سختی‌های بسیاری را به جان خرید.