روز 18 رجب 1399، خانه آیت‌الله صدر و کوچه‌های اطراف آن از اول صبح تا پاسی از شب، مملو از جمعیتی بود که دیروز برای آزادی رهبرشان دست به تظاهرات اعتراض آمیز زده بودند و امروز آمده بودند تا بار دیگر با او بیعت کنند.
رژیم صدام از تجدید پیمان امت مسلمان عراق با مرجع و رهبرشان، سخت به وحشت افتاد و برای قطع رابطه مردم با آیت الله صدر، نیروهای امنیتی را در سر کوچه آیت‌الله صدر و کوچه‌های اطراف، مستقر کردند. بدین گونه محاصره خانه آیت‌الله صدر آغاز شد. در مدت نه ماه محاصره، رژیم با فرستادن مأموران و مزدوران خود به نزد آیت‌الله صدر، سعی کرد او را از راهی که در پیش گرفته، منصرف کند، ولی آیت‌الله صدر ثابت و استوار ایستاد و همچنان از انقلاب اسلامی ایران و امام و مردم انقلابی ایران حمایت کرد و هرگز به خواسته‌های رژیم صدام، گردن ننهاد. تا اینکه در بعد از ظهر گرم و سوزان روز شنبه 19 جمادی الاول 1400 « ابو سعید» رئیس سازمان امنیت نجف، با عده‌ای از مزدوران امنیتی، آیت‌الله صدر را دستگیر و به سرعت از نجف به بغداد منتقل کرد. آیت‌الله صدر این بار می‌دانست که دیگر بر نخواهد گشت، چون وقتی ابوسعید جنایتکار گفت: «آماده باشید به بغداد برویم!» به آرامی گفت: «من خیلی وقت است که آماده شهادتم!»
فردای آن روز، حکومت بغداد، اقدام به دستگیری بنت الهدی کرد چون بیم داشت مبادا بنت الهدی بار دیگر مردم را به اعتراض و تظاهرات دعوت کند و رژیم را رسوا نماید!
برزان ابراهیم، برادر ناتنی صدام و رئیس سازمان امنیت کشور، در زندان از آیت‌الله صدر خواست که فقط چند کلمه بر ضد امام خمینی (ره)و انقلاب اسلامی بنویسد، تا آزاد شود، و گرنه کشته خواهد شد! آیت‌الله صدر این خواسته را رد کرد و گفت: «من آماده شهادتم، هرگز خواسته‌های غیر انسانی و ضد دینی شما را قبول نخواهم کرد و راه من همان است که انتخاب کردم!. . . . »
وقتی که مزدوران بعثی، از منصرف کردن آیت‌الله صدر و خواهرش مأیوس شدند، آن دو علوی پاک نژاد مظلوم را در روز سه شنبه 23 جمادی الاول 1400 (19 فروردین 1359) زیر شکنجه به شهادت رساندند. جنازه آن دو شهید در جوار مرقد امام علی (ع)، در آرامگاه خانوادگی «شرف‌الدین» به خاک سپرده شد.
امام خمینی، در پیامی که به مناسبت شهادت مظلومانه آن دو شهید داد، سوگمندانه نوشت:
«. . . . . . مرحوم آیت الله شهید سید محمد باقر صدر و همشیره مکرمه مظلومه او که معلمین دانش و اخلاق و مفاخر علم و ادب بود، به دست رژیم منحط بعث عراق با وضع دلخراشی به درجه رفیعه شهادت رسیده‌اند. شهادت ارثی است که امثال این شخصیتهای عزیز از موالیان خود برده‌اند. . . . . »