انسان الگو
قرآن و سنت به اسباب وعوامل آزاد اندیشی اسلامی توجهی خاص مبذول، و پایه و مایه تربیت چنین انسانهایی را به وضوح طراحی و اجرا کرده‌اند. اساسی‌ترین برنامه مکتب اسلام تربیت انسان عالم، متقی و دارای عمل صالح است که از اولین آیات نازله بر پیغمبر (ص) در سوره علق و نیز توضیح فلسفه خلقت آدم و بشر بر روی زمین به عنوان خلیفه‌ا... در بدو آفرینش آدم ابوالبشر (ع) و موارد فراوان دیگر در قرآن به دست می‌آید.

عقل و فکر
مهم‌ترین سرمایه انسان برای ارتقاء به جایگاه خویش الگوی شایسته قرآنی، سرمایه عقل و فکر و هدایت الهی است که در انسان این سرمایه به طور استعداد و قابلیت موجود است و بهره گیری از این موهبت الهی با راهنمایی عقل و وحی به عهده انسان گذاشته شده و عنصر اختیار و انتخاب زمینه این مسؤولیت است.

تولید علم و اندیشه
 «تولید» در هر رشته از علوم، تعریفی خاص دارد و نمی‌توان یک تعریف کلی و جامع به دست داد که همه علوم را شامل شود. بعنوان مثال تولید به معنای این است که مفسر به قرآن رجوع کند و بر اساس روش تفسیری مقبول مفسران، معنای جدیدی را در قرآن استنباط کند؛ معنایی که قبلا کشف نشده باشد. تولید در علوم تجربی، معنای دیگری دارد. مراد از «علوم تجربی» آن دسته از علوم است که به آن‌ها sceince می‌گویند و با متد تجربی پیش می‌روند. در ساحت این علوم، تلقی‌های مختلفی از تولید علم و نظریه‌پردازی وجود دارد. تلقی سنتی پوزیتیویسم (positivism) این است که تولید علم عبارت از کشف واقع factها و به طور مشخص «اثبات یک قانون» یا «اثبات یک قانون کلی علمی» بر اساس مشاهدات و تجربه. تولید علم همه جا به یک معنا نیست. در جایی به معنای استنباط یک گزاره از منابع است، در جای دیگر به معنای کشف یک واقعیت است و در جایی به معنای رسیدن به گزاره‌ای است که ثمره عملی دارد و به عبارتی دیگر، تسلط بر طبیعت را به ارمغان می‌آورد. بنابراین تعریف تولید علم، با لحاظ اختلاف علوم، مختلف خواهد شد. نظریه‌پردازی نیز به همین تناسب مختلف است.

دو وجه اثباتی و سلبی آزاد اندیشی
آزاد اندیشی رایج میان عالمان پیشگام را می‌توان از دو وجه اثباتی و سلبی بررسی کرد و جنبه‌های اثباتی آن را می‌توان در رویکردهای زیر خلاصه نمود:
۱. حق گرایی: رویکردی که عالمان عامل و اندیشمند را به فرا‌تر از زمان و مکان و بوم و‌نژاد و جنسیت می‌برد. به منظور حق گرایی اول باید اصل حق را شناخت. دوم فروع حق را شناخت، سوم قصد حق کرد، چهارم ضد حق را شناخت، پنجم حق را در قالب زیبا ارائه داد. شیخ هادی نجم آبادی در یکی از رساله‌هایی که از او برجای مانده است می‌نویسد: (تو کار بد را چون اهل جاهلیت زمان حضرت خاتم، اسم خوب بر رویش می‌گذاری، مرتکب می‌شوی و نسبت به حق می‌دهی، به جهت آنکه هوای خود را در آن می‌بینی. والا بالفطره این قدربی عقل نیستی که قبح آن را نفهمی. با این حالت چطورامیدداریم که کسی قبول طریقه ما را بنماید.) (۱)
۲. تعقل: آزاد اندیشی برای پیوستن به عقل الهی و دستیابی به حکمت صورت می‌گیرد. ۳. کندوکاو و سرکشی به افقهای دور و فرا‌تر از حوزه‌های محدود کننده.
۴. بهره گیری از تجربه‌های گذشته.
سیدجمال الدین اسدآبادی در یکی از یادداشتهای خود به مردم ایران می‌نویسد: (شما تجربیات تاریخی بسیار اندوخته و حوادث و انقلابات زمانه را خیلی دیده‌اید! می‌بایست که از این همه تجربیات و مشاهده حوادث و انقلابات عبرت کامل گرفته باشید. آیا سزاوار است که یک ملت تاریخی پس از دیدن وقایع تلخ و اوضاع ناگوار گیتی و مشاهده قدرت دشمن، باز از اتفاق کلمه و اتحاد دوری گزیند، با اینکه می‌داند فقط اتحاد و اتفاق است که موجب شوکت و عظمت او می‌تواند باشد حالا وقت برادری است، حالا زمان پیمان اتحاد بستن است….) (۲) ۵. اصلاح گرایی و رویارویی با عرف ناروای حاکم بر جامعه. ۶. نقدپذیری. ۷. مسؤولیت پذیری. ۸. شفافیت و خلوص. ۹. ابتکار و نوآوری.

اما جنبه‌های سلبی آزاد اندیشی:
۱. پرهیز از مباحث کم فایده و یا بی‌فایده. ۲. جلوگیری از مسخ شدن ارزشهای متعالی و رواج انحطاط فکری. ۳. پرهیز از خودنمایی. ۴. پرهیز از بوم گرایی و غلطیدن در ورطه‌های قالبهای ذهنی چون نژادپرستی، فرقه گرایی، سیاست زدگی، تفکرات صنفی و طبقاتی. ۵. پرهیز از حضور در نظام سلطه. ۶. دوری از دنیا و دنیاداران. ۷. پرهیز از ارتزاق از راه دین. ۸. دوری از بیماریهای نفسانی مثل تنگ نظری، آشوبگری، کینه توزی، حسادت، شهوت رانی، دروغ و فریبکاری. ۹. دوری از خلق: عالمان آزاد اندیش، برخلاف زندگی در میان مردم و یاری رسانی به آنان، از آنان دوری می‌جویند.
ملاصدرا در مقدمه اسفار می‌نویسد: (از هم گفت وشنودی با مردمان سرباز زدم که از دوستی با ایشان مأیوس بودم. دشمنی روزگاران و کینه توزی ابناء زمان را آسان گرفتم و خود را از رد قبولشان آسوده ساختم. نسبت به احترام و سود و زیانشان بی‌تفاوت بودم و همه توجه خود را به سوی مسبب الاسباب معطوف کردم). و ادامه می‌دهد: (مدت زمانی در این حالت انقطاع از خلق، و انزوا و گمنامی باقی ماندم تا سرانجام به سبب طول مجاهدت، نوری در درون جانم تابیدن گرفت و دلم از نور شهود روشنی یافت رازهای جهان را به لطف الهی دریافتم، رازهایی که از آن‌ها بی‌خبر مانده بودم و رموزی که پیش از آن، بر من آشکار نگردیده بود.) (۳) ملاصدرا در نامه‌ای از دوران خلوت و انزوای کهک چنین یاد می‌کند: (در مقام توجه و تفرد می‌بودم و پای در دامن غنای از خلق و تعزز کشیده داشتم و در خلوت، تحصیل ملکات می‌کردم و از مشاهده مکروهات، از روی حزم و دوراندیشی هراسان و گریزان بودم).