بنت‌الهدی صدر که برای آموزش اهمیت فراوانی قائل بود، خود سرپرستی مدرسه‌های نجف و کاظمین را بر دوش گرفت این مسئولیت باعث شد تا دائما در روزهای هفته میان این دو شهر در آمد و شد باشد هدف او از بنیان این مدرسهها، تربیت دختران مسلمان در دو مرحله دبستان و بالاتر به شیوه اسلامی بود که در مدرسه‌های دولتی عراق چنین چیزی دیده نمی‌شد. در این مدرسهها علاوه بر دروس رسمی، دروس اعتقادی هم تدریس می‌شد تا دختران را با تربیت اسلامی آشنا سازند برای این کار از دبیران و مدرسان علمی که از دید اعتقادی هم برخوردار بودند، استفاده می‌شد و آنها پیش از آنکه وارد کلاس درس شوند آموزش‌های مورد نیاز برای پیشرفت سطح علمی و اعتقادی خود را می‌گذراندند. سطح علمی مدرسهها به اندازه‌ای بالا بود که مردم دلباخته ورود دختران‌شان به این مدرسهها بودند؛ ولی حکومت بعثی عراق در ۱۳۵۰ قمری همه مدرسهها را دولتی کرد و بر پایه بخشنامه‌ای این آموزشگاه‌ها از بنت‌الهدی گرفته شد. بنت‌الهدی پس از این تاریخ، بیشتر به نوشتن کتاب و داستان پرداخت. تدریس تنها نمونه‌ای از تلاش‌های او برای بالابردن سطح دانایی زنان عراقی بود او برای اینکه آموزش برای دختران به سهولت صورت بگیرد بیشتر کتاب‌های حوزوی را که برای تدریس نگاشته نشده و نیاز به ساده‌سازی داشتند، آسان کرد و چاپ کتاب‌های نازیبا و ناخوانای آنها را تسهیل نمود همچنین این کتاب‌ها را که عمدتا واژه‌های سختی در بر داشتند و برای خیلی ها نامفهوم بود را با کمک دو برادرش ساده و به سطح فهم مردم نزدیک کرد و جلسه‌های درس برای بانوان برگزار نمود.
فضای سرکوب حاکم بر عراق در زمان بعثی‌ها و پیش از پیروزی انقلاب اسلامی در ایران باعث ورود بانو به شیوه‌ای کم‌سابقه در حوزه زنان شد وی با پیروی از روش امام سجاد، در راستای گسترش دین اسلام از روش غیرمستقیم استفاده میکرد و کتاب‌های فراوانی به سبک جدید می‌‌نوشت. بنت‌الهدی صدر نخستین زن شیعه مسلمان بود که وارد فضای داستان‌نویسی برای دختران جوان و نوجوان شد. داستان‌های او ریشه در واقعیت‌های جامعه داشت و از قرآن و سنت به شیوه‌ای روان و شیوا یاری می‌گرفت تا شمار بسیاری بتوانند از آنها استفاده کنند. کتاب‌هایش در دوران حکومت بعثی‌ها و صدام، در شمار کتاب‌های ممنوعه بودند؛ اما مردم با شیفتگی آنها را می‌خواندند و هنگامی که نیروهای امنیتی صدام به خانه‌ها یورش می‌بردند، آنها را در باغچه، زیرخاک یا جای دیگر پنهان می‌کردند.
دختر خانواده صدر اما تلاشش برای آگاهی، دانایی و بسیج زنان شیعه و مسلمان عراقی را منحصر به تدریس و نگارش نکرد او در روزهای حج به‌عنوان سرپرست کاروان از بغداد یا کاظمین نزدیک به ۲۰۰ بانوی عراقی را برای این سفر روحانی همراهی میکرد تا فرهنگ بیداری اسلامی را در میان زنان گسترش دهد و چون آشنایی خوبی با فتوای مراجع دینی داشت، نیاز فقهی هرکس را براساس مرجع خویش پاسخ می‌داد؛ شاید در تاریخ معاصر عراق کمتر بانویی را بتوان سراغ داشت که از شیوه‌های نرم برای بیداری زنان استفاده کرده باشد.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ایران و ترس از انتشار تفکر امام به واسطه آیت‌الله صدر در عراق، صدام ایشان را دستگیر کرد که با حرکات روشنگرانه و سخنرانی‌های شبانه بنت‌الهدی صدر در حرم امیرالمومنین آزاد شد و در نهایت در فروردین همان سال وی نیز توسط رژیم بعث دستگیر، شکنجه و در نهایت به درجه رفیع شهادت نائل شد نکته جالب آنجا است که وقتی از صدام حسین علت به‌‌شهادت‌رساندن این بانو را می‌پرسند پاسخ می‌دهد من قضیه حسین را تکرار نمی‌کنم. زینب بعد از برادرش، زنده ماند و یزید و آل‌امیه را رسوا کرد.