سیدالشهداء(ع) ممنوع شده بود و اگر کسی تخلف می‌کرد با مجازات شدید حکومت روبرو می‌شد. حتی در ظاهر شهر کربلا نیز تغییراتی ایجاد کردند که تا جای ممکن حالت شهر کربلا را از معنویت و زیارتگاه بودن خارج کنند. زندانهای متوکل نیز پر بود از شیعیان خالص امام که تحت شکنجه‌های شدید قرار داشتند و برخی هم در همان زندان‌ها به شهادت رسیدند. این نمایی ساده از دوران سخت شیعیان در زمان امام هادی (ع) بود.
پافشاری بر ارزشها در کنار حفظ ظواهر
در این شرایط بحرانی و مشکل، حضرت باید اولاً وضعیت شیعیان را در نظر می‌گرفت تا مبادا با خطر کردن بی‌موقع اوضاع بد‌تر شود و از طرفی نیز باید اصول مبارزه با فساد موجود در حاکمیت را رعایت می‌نمودند. باید متناسب با شرایط عمل و ظواهر را حفظ می‌شد، اما حرکت کلی زندگی را بر طبق همان هدفهای الهی ادامه داد. رعایت همه جوانب موجود و مذاکره برای کاستن از فشارهای وارد بر شیعیان و حفظ ظواهر در کنار مقابله، مبارزه و کوتاه نیامدن از اصول و ارزشها درسی است که ما از شرایط سخت حاکم بر ائمه می‌آموزیم. آنچه معمولاً اتفاق می‌افتد غلبه یکی از این طرفین در رفتارهای شیعیان است. حضرت در گفتار و کردار هم دقت لازم را داشتند تا جان شیعیان حفظ شود و بتوانند اجتماع شیعیان را برای ادامه مبارزات قوت ببخشند.
بدگویی بدخواهان به قدری بالا گرفت که به خلیفه وقت گفتند که ایشان در منزل خود سلاح و مال ذخیره کرده تا در یک فرصت حکومت را به دست بگیرد. نتیجه آن شد که منزل ایشان به دقت تفتیش گردید و امام را در حالی که با حالتی خاضغانه مشغول عبادت بود به سوی خلیفه بردند و از آن پس زندگی آن حضرت در حالت تبعید در سامراء آغاز شد. در طول مسیری که آن حضرت را به سامراء می‌بردند کرامات و عجایبی از ایشان نقل شده است، مانند شفای چشمان کودکی که مادرش آن را به خدمت امام آورده بود.
هرکجا باشیم در خان صعالیک نیستیم!
در هنگام وارد شدن به شهر سامراء حضرت را به جایی نامناسب انتقال دادند. صالح بن سعید می‌گوید: بر امام هادی (ع) وارد شدم و گفتم جانم فدای شما باد، در همه امور می‌خواهند نور شما را خاموش کنند و درباره شما کوتاهی کنند تا اینکه شما را در پست‌ترین جای این شهر (خان صعالیک) منزل دادند... امام اشاره‌ای فرمود و چشمان صالح بن سعید به دیدن باغهایی روشن شد و امام فرمودند: هرکجا باشیم در اینجاییم. ما در خان صعالیک نیستیم!
وقتی امام در سامراء بودند خلیفه دستور داد منزل ایشان را بازرسی کنند. گویا عده‌ای سعایت کرده بودند و خلیفه هم منتظر فرصت بود. امام را هم دستگیر نمودند و به سوی او روانه کردند. خلیفه در حال مستی از امام خواست شعری بگوید و امام نیز با شعری او را به یاد مرگ و احوالات بعد از مرگ انداخت. یعنی حتی در بد‌ترین و سخت‌ترین اوضاع نیز امام با درایت تمام شرایط را عوض می‌نمودند.
در مجموع تحت هر شرایطی حضرت علی النقی الهادی (ع)، به وظایف خویش در همان دوران نیز عمل می‌فرمود، ضمن آنکه لازم بود مردم را با شرایط غیبت امام مهدی علیه السلام آشنا کند. از این رو در نحوه ارتباطات خویش با شیعیان نیز تغییراتی ایجاد فرمود تا جامعه شیعه کم کم با دوران غیبتی که از چند سال بعد شروع می‌شد آشنا شود.
انتصاب وکلا و آموزش تقیه
یکی از روش‌های مبارزاتی امام ایجاد تشکیلات پنهانی و ارتباط از طریق مکاتبه و انتصاب وکلایی برای ارتباط غیر مستقیم با یاران بود. حضرت به شیعیان توصیه می‌فرمودند که در گفته‌های خود دقت کنند و مراقب باشند حرفهای خود را در حضور دشمنان اهل بیت به زبان نیاورند. خود امام نیز گاهی با نام مستعارنامه می‌نگاشتند. در واقع امام اصول فعالیت مبارزاتی در کنار تقیه و حفظ جان شیعیان در آن شرایط را به یارانشان آموختند.
مبارزه جدی با انحراف
یکی از فعالیت‌های وسیع امام هادی (ع) به مبارزه با انحراف اختصاص داشت. گروه‌های مختلف انحرافی در آن دوران رشد و گسترش یافته بودند و حضرت یک به یک به مقابله با آن‌ها پرداخت چرا که در صورت مدارا آن انحرافات سبب ایجاد اختلافات فراوان و چند دستگی در صفوف شیعیان شد. غلات، از این گروه‌های انحرافی به شمار می‌رفت. در کتاب رجال کشی می‌نویسد که علی بن حسکه از سران غلات معتقد به الوهیت و ربوبیت حضرت هادی (ع) و رسالت و نبوت خود و سقوط همه واجبات و فرایض دینی بود! محمد بن نصیر نمیری نیز با او در مسائل هم عقیده بود علاوه بر آنکه قائل به تناسخ بود و ازدواج با محارم و لواط را روا می‌شمرد! حضرت نیز به مقابله شدید با آن‌ها اقدام نمود تا جایی که حتی حکم مهدور الدم بودن یکی از غلات را صادر فرمود. امام درباره ابن حسکه فرمود: «لعنت خدا بر او باد دروغ می‌گوید و من او را در ردیف دوستان خود نمی‌شناسم... من از کسی که چنین سخنانی می‌گوید بیزاری می‌جویم و به سوی خدا از چنین گفتاری پناه می‌برم، شما نیز از آنان دوری گزینید و ایشان را در فشار و سختی قرار دهید...» محمد بن عیسی می‌گوید امام بدون آنکه پرسشی از او شود برای من نوشت: «خداوند، قاسم بن یقطین و علی بن حسکه را لعنت کند. شیطانی در برابر او ظاهر می‌شود و حرفهای بی‌اساس و دروغ را بر او القا می‌کند.»
گروه بعدی واقفیه بود؛ کسانی که بعد از شهادت موسی بن جعفر (ع) به خاطر یک سلسله انگیزه‌های نفسانی و دنیوی منکر شهادت آن حضرت شدند و در نتیجه، تن به امامت پیشوای هشتم (ع) ندادند. این‌ها در پلیدی و خباثت و انحراف از خط امامت کمتر از غلات نبودند. ابراهیم بن عقبه می‌گوید به امام هادی (ع) نوشتم: فدایت شوم! من از بغض و کینه ممطوره (واقفیه) نسبت به حق آگاهی دارم، آیا مجاز هستم در قنوت نماز بر آنان لعن کنم؟ فرمود: آری.
صوفیان، گروه منحرف دیگری در درون جامعه اسلامی بودند که تحت پوشش کناره گیری از دنیا به منحرف کردن آنان از خط امامت مشغول بودند. حسین بن ابی الخطاب، می‌گوید: با امام هادی (ع) در مسجد النبی بودم، گروهی از یاران آن حضرت از جمله ابو هاشم جعفری، نیز به ما پیوستند، در این هنگام جمعی از صوفیه وارد مسجد شد در گوشه‌ای دایره وار نشستند و مشغول ذکر لا اله الا الله شدند. امام (ع) رو به صحابه کرد و فرمود: به این نیرنگ بازان توجه نکنید زیرا آنان همنشینان شیاطین و ویران کنندگان پایه‌های دین هستند... روزگاری را به گرسنگی سپری می‌کنند تا برای پالان کردن خری چند را رام کنند. لا اله الا الله نمی‌گویند مگر برای فریب مردم؛ کم نمی‌خورند مگر برای پر کردن کاسه‌های بزرگ و جذب دل ابلهان به سوی خود... یکی از اصحاب پرسید: هر چند معترف به حقوق شما باشد؟
امام (ع) فرمود: از چنین پرسشی دست بردار! زیرا کسی که معترف به حقوق ما باشد دچار نفرین ما نمی‌شود... آنان جز یهود و نصارای این امت نیستند و همان‌ها هستند که سعی در خاموش کردن نور الهی دارند و خداوند نورش را به اتمام خواهد رسانید هر چند کافران را ناپسند آید.
