آیت الله سید احمد خاتمی- در سال‌های 61، 62 تا سال 70 احساس می‌کردیم که در حوزه ما گرایش به دانشگاه هست. در پی علم بودن فی نفسه ارزش است و نباید نهی کنیم و بگوییم فقط علوم حوزوی. جوانی مستعد است و می‌تواند هم علوم حوزوی را بخواند و هم علوم دانشگاهی را، لکن معتقدم اگر قرار است طلبه‌ای در دانشگاه نقش‌آفرین باشد، نباید تأثیرپذیر باشد، بلکه باید تأثیرگذار باشد. شهید مفتح دکتر شد، اما دکتر مفتح از دانشگاه تأثیر نگرفت، بر دانشگاه تأثیر گذاشت. شهید مطهری به دانشگاه رفت، منتهی تأثیر گذاشت. شهید باهنر و شهید بهشتی در عرصه آموزش و پرورش، حتی آموزش و پرورش طاغوت وارد شدند و علی‌التحقیق تأثیر گذاشتند. کتاب‌های دینی که شهید بهشتی و شهید باهنر نوشتند، در دادن تفکر انقلابی به دانش‌آموزان تأثیرگذار بود، بنابراین بنده با ورود عزیزان طلبه به دانشگاه با این خصوصیت، مخالف نبوده‌ام و نیستم، اما معمولاً طلبه پایه 6 ما ـ‌ ما 11 پایه داریم‌ ـ به دانشگاه می‌رفت. حوزه فکر کرد جاذبه آنجا چیست که طلبه به دانشگاه می‌رود؟ عنوان لیسانس، فوق‌لیسانس، دکترا؟ و بحمدالله نشست و بررسی کرد که علومی که ما می‌خوانیم کم نیستند. چرا ما خودمان لیسانس و فوق‌لیسانس و دکترا ندهیم؟ ‌قبل از آنکه بنده عضو شورای‌عالی بشوم، بحمدالله شورای مدیریت حوزه  رسماً اعلام کرد طلبه‌ای که سطح را تمام می‌کند، لیسانس است. یعنی کفایه را که تمام کرد، می‌تواند در امتحان فوق‌لیسانس شرکت کند. بعد می‌رسیم به سطح 3، رساله و پایان‌نامه می‌نویسد در فقه، اصول، تفسیر، فلسفه و حکمت. پایان‌نامه‌نویسی هم که در دانشگاه مشخص است که استاد راهنما و استاد مشاور می‌خواهد و در نهایت هم داوری می‌شود. وقتی اگر طلبه‌ای در سطح 3 موفق شد، ما او را فوق‌لیسانس می‌دانیم. وزارت علوم و آموزش‌عالی و شورای انقلاب فرهنگی هم او را فوق‌لیسانس می‌داند، نه معادل. بعد از فوق‌لیسانس، سطح 4 را داریم که همان دکتراست و نه معادل دکترا. در سطح 4، ما از پژوهشگرمان می‌خواهیم تحقیق کند و نظر بدهد و نقد کند. بنده در سطح 3 و 4 استاد راهنما و مشاور و داور هستم.

طلبه باید 11 سال درس بخواند تا لیسانس بگیرد. قس علی ذلک فوق‌لیسانس و دکترایی که می‌دهیم. معنای آن چیست؟ معنای آن این است که لیسانس‌های ما فلّه‌ای نیست. بنده به عنوان استاد راهنما، مشاور و داور این سخن را می‌گویم. آقایی 50 جلد کتاب نوشته بود. با توجه به این نکته، وقتی ایشان از من خواست استاد راهنمایش باشم، قبول کردم. بعد مطلب او را مطالعه کردم، دیدم در سطح 3 نیست. در جلسه داوری، معمولاً نقد را داور مطرح می‌کند و استاد راهنما در حقیقت کمک‌کار دانش‌پژوه است. من در جلسه داوری گفتم در اینجا برعکس است. من به عنوان استاد راهنما به کتاب‌هایی که ایشان نوشته، اعتماد کردم، ولی این رساله در حد سطح 3 نیست. از دوستان ما هم بود. گفتم اینجا جای احساسات و عاطفه نیست. 50 یا 100 سال آینده، تاریخ حوزه را بخواهند بنویسند، بخشی از تاریخ حوزه را همین پایان‌نامه‌ها رقم می‌زند. ما باید آبروی حوزه را در نظر بگیریم و در مقایسه با دانشگاه نباید رساله فوق‌لیسانس ما از آنها کمتر باشد. من معتقدم این عیب حوزه ما نیست که تحصیل در آن طول می‌کشد، بلکه حسن آن است. گرچه در بازنگری سطح 1، 2 و 3 در شورای‌عالی، طرح‌های همسانی هست که وضع مناسبی پیدا کند، ولی اگر ما تحصیل بیشتری داریم، نشانه ضعف نیست، بلکه نشانه این است که وقتی به فلان دانشمندمان می‌گوییم دکتر، فلّه‌ای و بی‌حساب و کتاب نیست و بیشتر از آقای دکتر در دیگر رشته‌ها درس خوانده است.
نقدی که بنده داشتم این بود که علوم خودمان را کم نبینیم. الان هم می‌گویم که عنوان حجت‌الاسلام والمسلمین از دکتر چه کم دارد؟ اینها اصطلاحاتی هستند که همه‌شان در جای خودشان محترمند. من معتقدم حتی طلبه‌ای که دکترا هم گرفته، اگر بنا بر بالیدن هست، باید به حوزوی بودنش ببالد. نقد من این است. حوزه را کم نگیریم، علوم حوزوی را کم نگیریم، اما هیچ نقدی بر تحصیل علوم دانشگاهی ندارم، البته با قیدی که گفتم، یعنی قید تأثیرگذاری. اگر طلبه‌ای به دانشگاه برود و تاثیر بگذراد، این یکی از گام‌های ارزشمند وحدت حوزه و دانشگاه است.