این قبیل تغییرات از دولت شهید رجایی شروع شد و تاریخی‌ترین آن را احمدی‌نژاد به نام خود ثبت کرد.ودکتر روحانی هم که تا به امروز عموم عملکرد دولت نهم و دهم را برای کشور مضرر و بی‌فایده می‌داند با ارائه طرحی به مجلس خواستار تفکیک وزارتخانه‌های ادغام شده در دولت احمدی‌نژاد شد.
در همین راستا نمایندگان مجلس شورای اسلامی با اعلام وصول لایحه تفکیک سه وزارتخانه که از سوی دولت ارائه شده بود موافقت کردند. براساس لایحه دو فوریتی تفکیک وزارتخانهها که از سوی دولت به مجلس ارائه شد، قرار است وزارت راه و شهرسازی به وزارتخانه‌های «راه و ترابری» و «مسکن و شهرسازی» تبدیل و وزارت صنعت، معدن و تجارت به وزارتخانه‌های «صنعت و معدن» و «بازرگانی» و وزارت ورزش و جوانان نیز به «وزارت ورزش» و «سازمان ملی جوانان» تبدیل شوند.
از همین رویکارشناسان معتقدند که بررسی‌‌ها از تجربه‌های جهانی ادغام و تفکیک در راس هرم اجرایی در کشورهای مختلف نشان‌دهنده آن است که تصمیمات بدون پشتوانه فنی و کارشناسانه با شکست روبه‌رو خواهد شد.
بحث ادغام وزارتخانهها به منزله یک تحول بزرگ اداری قطعا جوانب متعددی در بر خواهد داشت که باید همواره مورد توجه قرار گیرند. می‌توان مهم‌ترین مساله تفکیک وزارتخانهها را بار مالی نشات گرفته از جابه‌جایی‌های گوناگون گرفته تا به حاشیه راندن برخی مدیران میانی وزارتخانهها دانست. از سوی دیگر سردرگمی مردم و کارکنان نسبت به وظایف جدید موجب تأخیر در کارآمدی می‌شود و قطعا مانعی بر سر جذب رضایت مردم از سوی دولت خواهد بود چراکه دست‌کم یک‌سال از وقت دولت جدید را خواهد گرفت.
همچنین مجلس شورای اسلامی هم دچار تغییر چارت‌بندی می‌شود و از مهم‌ترین تبعات آن در مجلس تفکیک مجدد کمیسیون‌های مجلس است که این تجدید نظرها شاید برخی از امور جاری کشور را در حوزه قانون‌گذاری و نظارت با اختلال همراه کند.
این در حالی است که تجربه نشان داده است در دولت نهم و دهم ادغام وزارتخانه‌های صنایع و بازرگانی نه‌تنها مشکلی را حل نکرد، بلکه کشور را دچار معضلات فراوانی کرد.
به بیان دیگر تفکیک وزارتخانه صنعت، معدن و تجارت تبعات مثبتی ندارد و به جز تورم و بزرگ شدن دولت هیچ دستاورد جدی‌ای را به دنبال نخواهد داشت.
ناگفته پیداست راه حل تفکیک و تلفیق وزارتخانه ها نیست بلکه راه‌حل کلیدی، ایجاد دولت الکترونیک و شفاف‌سازی است.
از سوی دیگر در راستای اجرای قانون برنامه پنجم توسعه و کوچک‌سازی دولت، دولت دهم در خردادماه ۱۳۹۰ با رای مجلس و تایید شورای نگهبان، وزارت «راه و ترابری» با وزارت «مسکن و شهرسازی» ادغام شده و وزارت «راه و شهرسازی» را تشکیل دادند، حتی در مرحله‌ای مصوب شد که وزارت راه و ترابری، مسکن و شهرسازی و ارتباطات و فناوری اطلاعات با یکدیگر ادغام شده و وزارت «امور زیربنایی و ارتباطات» را تشکیل دهند که درنهایت مورد تایید شورای نگهبان قرار نگرفت. همچنین وزارت "صنعت، معدن و تجارت" در سال 1390 و با تصویب مجلس و تایید شورای نگهبان از ادغام دو وزارت "صنایع و معادن"و " بازرگانی" تشکیل شد.
به هر صورت و با توجه به شواهد موجود مشخص است که ادغام وزارتخانه ها بیشتر در راستای کوچک سازی دولت و اجرای ماده 53 قانون برنامه پنجم توسعه بوده و کار کارشناسی دقیقی در این رابطه صورت نگرفته است. همچنین اگر قرار بر تفکیک وزارتخانه های پیشنهادی دولت یازدهم از یکدیگر است، این تفکیک همان گونه که عنوان شد دارای بار مالی و هزینه های فراوانی خواهد بود و بهتر است اولا با یک کار کارشناسی شده دقیق این کار صورت گیرد و ثانیا تضمینی وجود داشته باشد که دولت های آینده دوباره به فکر ادغام این وزارتخانه ها نباشند و این چرخه تفکیک و ادغام تکرار نشود.
همچنین باید یادآورشد تفکیک وزارتخانه ها برخلاف سیاست‌های اصل ۴۴ قانون اساسی است و در سال اقتصاد مقاومتی هزینه بالایی به دنبال خواهد داشت، می‌گوید: باید کارآمدی را در ادغام یا تفکیک پیگیری کنیم و امیدوارم نمایندگان مجلس، دور از مباحث سیاسی و قبول بی‌چون و چرای لایحه دولت، کارآمدی و هزینه‌های این تفکیک را بررسی کنند. اگر بدون بازنگری دقیق هم فقط به دلیل نبودن زمان تفکیک صورت گیرد بازهم دچار زیان خواهیم شد. در این امر احتیاج به یک گروه جامع‌نگر است که امیدوارم شکل گرفته باشد.
نکته دیگری که نباید در داستان تفکیک وزارتخانهها مغفول بماند "بودجه ۹۶" است. باید به این نکته مهم نیز اشاره کرد که «دولت روحانی در مقطعی به تفکیک سه وزارتخانه روی آورده است که بودجه سال ۹۶ بسته و ردیف بودجه‌ای هر سازمان و وزارتخانه مشخص شده است بر این اساس اگر طرح مورد نظر با موافقت مجلس همراه شود باید در حجمی دیگر بر بودجه موجود افزوده شود چرا که منابع موجود پیش‌بینی شده به نظر نمی‌رسد برای کفاف وزارتخانه‌های جدید را بدهد.
دست آخر اینکه دولت یازدهم بیش از اینکه به دنبال ایجاد تغییرات ظاهری و ساختاری در وزارتخانه ها باشد به دنبال ارتقای کار آمدی آنها باشد و اگر این مسئله محور همه تغییرات باشد در ادامه نیز می توان مسئله ادغام و تفکیک وزارتخانه ها امری معقول به نظر می رسد که در غیر این صورت صرفا نمایشی است تا دولت به بهانه تغییرات کم کاری های خود را توجیه کند و خود را در قبال مطالبات مردم پاسخگو نداند .