نوشین نفیسی در دادگاه انقلاب محکوم به اعدام می‌شود اما دخالت آیت الله منتظری که به عنوان قائم مقام رهبری اختیار عفو محکومان را داشت، سبب می‌شود تا در اقدامی نادر، حکم اعدام او به آزادی تخفیف خورد.
محمد مهدی اسلامی- برای شهید لاجوردی یکی از دردناک ترین پرونده‌های دوران دادستانیش پرونده «نوشین نفیسی» بود. اهمیت 
پرونده نفیسی تا حدی بود که لاجوردی در سخنرانی تودیع خود با اشاره به آخرین حضورش قبل از عزل در شورای عالی قضایی می‌گوید: «گفتم نوشین نفیسی را آزاد می‌کنید تا پدرش خوشش بیاید؛ اینکه مرکزیت و محور آزاد شود و زیرمجموعه آن اعدام، ظلم است. چرا 5 ردیف زیر او اعدام بشود اما مرکزیت آزاد بشود؟ این ظلم است و اگر قرار است یک وقت خدای نکرده این نظام جمهوری اسلامی لطمه بخورد، از ناحیه این ظلمها است. اینها ظلم است و ظلم قابل تحمل برای امثال من نیست.»
نوشین نفیسی فرزند دکتر ابوتراب نفیسی ، پزشک مخصوص آیت الله منتظری است که در سال 1338 در اصفهان متولد شده و در سال 1358 به عضویت گروه مارکسیستی پیکار در می‌آید. برادران نوشین نفیسی، سعید و مجید نیز از کادرهای ارشد گروهک پیکار بودند. «سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر» پس از کودتای خونین تغییر ایدئولوژی در سازمان منافقین توسط عناصر مارکسیست سازمان که ارتداد خود از اسلام را مخفی نمی‌کردند، در آذرماه 1357 شکل گرفته بود و در طول سالهای نخست انقلاب، همواره به انجام فعالیت‌های تروریستی علیه نظام می‌پرداخت و از جمله گروه‌هایی بود که در آشوب‌های کردستان و خوزستان نقش جدی ایفا می‌نمود. بمب‌گذاری، غارت بانک‌ها، انهدام پلها و جاده‌ها و تصرف پادگان‌ها در کنار جاسوسی و انتقال اطلاعات از طریق عواملی که در کشورهای لیبی، یمن جنوبی و عراق با آنها در ارتباط بودند، از جمله فعالیت‌های این گروهک در شرایطی بود که کشور درگیر دفاع مقدس نیز گشته بود.
آنچنان که این سازمان خشن ترین سازمان کمونیستی در ایران پس از انقلاب اسلامی نامیده شده است. تقی شهرام رهبر این سازمان در تیرماه ۱۳۵۸ شناسایی و دستگیر شد و برخی دیگر از اعضای مرکزیت سازمان نیز به مرور دستگیر شدند و بدین صورت امکان ترقی برخی عناصر پائین تر به مرکزیت فراهم گشت.
پس از خرداد 1360 و ورود مستقیم گروهها به جنگ مسلحانه با نظام، نوشین نفیسی به رهبری «جناح انقلابی» یا «جناح فراکسیون» راه کارگر،- پیکار می‌رسد. نام مستعار او در تشکیلات ثریا بوده وبه همراه همسرش با نام مستعار حسین و بهمن محمودی با نام مستعار سیاوش اعضای رهبری جناح انقلابی پیکار را تشکیل می‌دادند. در تابستان 1361 با شناسایی کامل این گروهک نوشین نفیسی ، همسرش ، بهمن محمودی و چند عضو دیگر بازداشت می‌شوند. شش ماه بعد بهمن محمودی و حسین و بسیاری از اعضای پائین دست این گروهک به جرم کشتار مردم بی گناه به اعدام محکوم می‌شوند.
نوشین نفیسی نیز در دادگاه انقلاب محکوم به اعدام می‌شود اما دخالت آیت الله منتظری که به عنوان قائم مقام رهبری اختیار عفو محکومان را داشت، سبب می‌شود تا در اقدامی نادر، حکم اعدام او به آزادی تخفیف خورد.
در تاریخ 25/9/63 یوسف صانعی دادستان وقت کشور در نامه ای به آیت‌الله موسوی اردبیلی رئیس دیوان عالی کشور و رئیس شورای عالی قضایی می‌نویسد: «با توجه به سیاست کلی فقیه عالیقدر حضرت آیت الله العظمی منتظری در رابطه با برخورد با افراد وابسته به گروهکها و زندانیان و با توجه به عنایت خاص ایشان نسبت به جناب آقای دکتر نفیسی حسب نقل آیت الله محمدی گیلانی و با عنایت به این که افراد نزدیکی از این خانواده محکوم به اعدام و حکم درباره آنها اجرا گشته و با عنایت به تعهد اسلامی و تخصص خود جناب آقای دکتر نفیسی و با توجه به تعهد پیوست تقاضا می‌شود. از محضر امام امت مدظله العالی دو درجه تخفیف برای محکومه نوشین نفیسی صبیه آقای دکتر نفیسی درخواست شود. ا- مجازات اعدام او به 15 سال زندان 2- مدت حبس وی به 5 سال معلق شود . بدیهی است پدرش حاضر به ضمانت هم می‌باشد.» بدین شکل زمینه آزادی عضو مرکزیت یک سازمان که به جنگ مسلحانه با نظام پرداخته است، فراهم می‌شود.
پرونده نفیسی تا حدی بود که لاجوردی در سخنرانی تودیع خود با اشاره به آخرین حضورش قبل از عزل در شورای عالی قضایی می‌گوید: «گفتم نوشین نفیسی را آزاد می‌کنید تا پدرش خوشش بیاید؛ اینکه مرکزیت و محور آزاد شود و زیرمجموعه آن اعدام، ظلم است. چرا 5 ردیف زیر او اعدام بشود اما مرکزیت آزاد بشود؟ این ظلم است و اگر قرار است یک وقت خدای نکرده این نظام جمهوری اسلامی لطمه بخورد، از ناحیه این ظلمها است. اینها ظلم است و ظلم قابل تحمل برای امثال من نیست.» نوشین نفیسی فرزند دکتر ابوتراب نفیسی ، پزشک مخصوص آیت الله منتظری است که در سال 1338 در اصفهان متولد شده و در سال 1358 به عضویت گروه مارکسیستی پیکار در می‌آید. برادران نوشین نفیسی، سعید و مجید نیز از کادرهای ارشد گروهک پیکار بودند. «سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر» پس از کودتای خونین تغییر ایدئولوژی در سازمان منافقین توسط عناصر مارکسیست سازمان که ارتداد خود از اسلام را مخفی نمی‌کردند، در آذرماه 1357 شکل گرفته بود و در طول سالهای نخست انقلاب، همواره به انجام فعالیت‌های تروریستی علیه نظام می‌پرداخت و از جمله گروه‌هایی بود که در آشوب‌های کردستان و خوزستان نقش جدی ایفا می‌نمود. بمب‌گذاری، غارت بانک‌ها، انهدام پلها و جاده‌ها و تصرف پادگان‌ها در کنار جاسوسی و انتقال اطلاعات از طریق عواملی که در کشورهای لیبی، یمن جنوبی و عراق با آنها در ارتباط بودند، از جمله فعالیت‌های این گروهک در شرایطی بود که کشور درگیر دفاع مقدس نیز گشته بود.
آنچنان که این سازمان خشن ترین سازمان کمونیستی در ایران پس از انقلاب اسلامی نامیده شده است. تقی شهرام رهبر این سازمان در تیرماه ۱۳۵۸ شناسایی و دستگیر شد و برخی دیگر از اعضای مرکزیت سازمان نیز به مرور دستگیر شدند و بدین صورت امکان ترقی برخی عناصر پائین تر به مرکزیت فراهم گشت.
پس از خرداد 1360 و ورود مستقیم گروهها به جنگ مسلحانه با نظام، نوشین نفیسی به رهبری «جناح انقلابی» یا «جناح فراکسیون» راه کارگر،- پیکار می‌رسد. نام مستعار او در تشکیلات ثریا بوده وبه همراه همسرش با نام مستعار حسین و بهمن محمودی با نام مستعار سیاوش اعضای رهبری جناح انقلابی پیکار را تشکیل می‌دادند. در تابستان 1361 با شناسایی کامل این گروهک نوشین نفیسی ، همسرش ، بهمن محمودی و چند عضو دیگر بازداشت می‌شوند. شش ماه بعد بهمن محمودی و حسین و بسیاری از اعضای پائین دست این گروهک به جرم کشتار مردم بی گناه به اعدام محکوم می‌شوند. نوشین نفیسی نیز در دادگاه انقلاب محکوم به اعدام می‌شود اما دخالت آیت الله منتظری که به عنوان قائم مقام رهبری اختیار عفو محکومان را داشت، سبب می‌شود تا در اقدامی نادر، حکم اعدام او به آزادی تخفیف خورد.
در تاریخ 25/9/63 یوسف صانعی دادستان وقت کشور در نامه ای به آیت‌الله موسوی اردبیلی رئیس دیوان عالی کشور و رئیس شورای عالی قضایی می‌نویسد: «با توجه به سیاست کلی فقیه عالیقدر حضرت آیت الله العظمی منتظری در رابطه با برخورد با افراد وابسته به گروهکها و زندانیان و با توجه به عنایت خاص ایشان نسبت به جناب آقای دکتر نفیسی حسب نقل آیت الله محمدی گیلانی و با عنایت به این که افراد نزدیکی از این خانواده محکوم به اعدام و حکم درباره آنها اجرا گشته و با عنایت به تعهد اسلامی و تخصص خود جناب آقای دکتر نفیسی و با توجه به تعهد پیوست تقاضا می‌شود. از محضر امام امت مدظله العالی دو درجه تخفیف برای محکومه نوشین نفیسی صبیه آقای دکتر نفیسی درخواست شود. ا- مجازات اعدام او به 15 سال زندان 2- مدت حبس وی به 5 سال معلق شود . بدیهی است پدرش حاضر به ضمانت هم می‌باشد.» بدین شکل زمینه آزادی عضو مرکزیت یک سازمان که به جنگ مسلحانه با نظام پرداخته است، فراهم می‌شود.
آیت الله موسوی اردبیلی نیز در نامه‌ای به شهید لاجوردی دادستان انقلاب اسلامی تهران می‌نویسد: «چون با پیشنهاد دادستان محترم کل کشور در جلسه شماره 636– 25/9/63 شورای عالی قضایی تصویب شده است تخفیف مجازات اعدام محکوم نوشین نفیسی فرزند ابوتراب به پانزده سال حبس و تعلیق حبس به مدت پنج سال موافقت و بتایید حضرت امام خمینی رهبر کبیر انقلاب و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران رسیده است. مراتب جهت اقدام قانونی اعلام می‌گردد.»
شهید لاجوردی نیز در پشت برگه حکم آزادی نوشین نفیسی که به وی ابلاغ شده بود، می‌نویسد: «زندانی نوشین نفیسی یکی از خبیث‌ترین و متعصب‌ترین افراد نادری است که در زندان تحمل کیفر می‌نماید، ولی با شیوه‌های منافقانه به دروغ خود را بریده نشان می‌دهد. بدیهی است کسی که از مرکزیت جناح انقلابی منشعب از پیکار مرتد محارب باشد، آزادیش چه مقدار برای جامعه خطرناک است، ولی چه می‌شود کرد؟! چون دستور آزادیش صادر شده چاره ای جز آزاد کردن نیست.(گرچه با تمام وجود مخالف آزادیش هستم و معتقدم اگر قرار باشد مرکزیت سازمان الحادی با آن همه جنایت و آمریت در کشتار مردم مسلمان و بی‌گناه و ... داشتن همه وزر و وبال اعضا و هواداران اعدام شده سازمانش ، آزاد شود ، پس ...؟!! خدایا تو شاهدی با دیدن این نامه و تبعیض غیرقابل تصور مرگ خود را از تو خواستم!) لذا با سپردن کفیل و وثیقه‌ای معادل یک میلیون تومان آزاد شد. 2/10/ 63»
ممکن است پرسیده شود که چرا امام خمینی با این اقدام موافقت کردند. امام خمینی در مقاطعی بیش از 40 مسئولیت از مسئولیت‌های خویش را به قائم‌مقام خویش واگذار نمودند و در آنها دخالت نمی‌کردند که از آنجمله اختیار عفو زندانیان بود. این رویه سبب گردید در زمان حیات امام عدم صلاحیت منتظری اثبات شود و خطری بزرگ از نظام جمهوری اسلامی دفع گردد. یکی از اولین مواردی نیز که امام از او صلب اختیار نمودند، اجازه‌ای بود که در عفو زندانیان طبق اصل 110 قانون اساسی بر عهده رهبر انقلاب گذاشته شده و امام به او تنفیذ نموده بودند.
آنچنان که هاشمی رفسنجانی در خاطرات سهشنبه بیستودوم مهر 1365 خود نوشته است: «آقای عبدالله نوری آمد و گفت آیت‌الله منتظری در عکسالعمل جریان بازداشت گروه سید مهدی هاشمی، ملاقاتها را تعطیل کردند. مدتی که در جلسه علنی بودم، مراجعههای زیادی از نمایندگانی در همین خصوص داشتم. نگرانی شدیدی در نمایندگانی که مطلع شدهاند؛ بروز کرده است... نزدیک غروب به منزل آقای منتظری رسیدیم. کمی پشت در معطل شدیم. ظاهر این بود که ایشان مصمم بوده کسی را نپذیرد... ایشان از دستور امام در خصوص تعقیب گروه سید مهدی هاشمی رنجیدهاند و دستور امام به اینکه دیگر عفو زندانیان با آقای منتظری نباشد...»