وی که در سالهای قبل از پیروزی انقلاب فعالیت تشکیلاتی را در قالب های مختلف تجربه کرد و از جمله آنها حضور در شورای روحانیت موتلفه اسلامی به امر امام خمینی (ره) بود، از نخستین روزهای بعد از پیروزی انقلاب تاسیس حزب جمهوری اسلامی را دنبال کرد و تا زمان شهادت دبیرکل آن بود و شهادت وی نیز در محل حزب واقع شد. جایی که آن را معبد می دانست.
وی در مصاحبه ای در پاسخ به سؤالی پیرامون ضرورت وجود تشکل و حزب در جامعه اسلامی تصریح می‌کند: «وقتی انقلاب پیروز می‌شود نوبت به تداوم انقلاب، مدیریت و برنامه ریزی در زمینه های مختلف روحی و معنوی، فرهنگی، آموزشی، اقتصادی، اجتماعی و... می‌رسد. در بخش اقتصاد نیاز به برنامه ریزی کشاورزی، صنعتی، بازرگانی داخلی و خارجی و ... می‌باشد و همه این‌ها به نیروهای شناخته شده و کارآمد نیاز دارد، نیروهایی که با ما همفکر باشند. اگر همه نیروها بر مبنای ایدئولوژی اسلامی و اصیل و زنده نباشند، در نتیجه هر برنامه ای برای خودش یک آهنگ پیدا می‌کند و نمی‌شود از مجموعه این برنامه‌ها حرکت و تلاشی هماهنگ در جهت تداوم انقلاب به وجود آورد. مسئله این است که اداره جامعه امروز، تشکیلات مملکتی است و این تشکیلات اگر خط فکری اسلامی و اصیل، خط سیاسی کاملاً مستقل و نقطه نظرهای کاملاً حساب شده و صحیح و روشن اقتصادی و اجتماعی نداشته باشد، نمی‌تواند کار یک تشکیلات را خوب انجام دهد و نمی‌تواند عمل هماهنگ به وجود آورد...»
متفکر شهید در معنایی که از یک حزب و گروه سیاسی ارائه می‌دهد به دو دیدگاه اشاره می‌کند:
الف) معنای اسلامی و صحیح که بدین ترتیب است: «یک گروه دارای نقطه نظرهای اسلامی، سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی هماهنگ و یکپارچگی در عمل و هم چنین همسازی در طرح و برنامه و اجرا در جهت دستیابی به یک هدف الهی و اصیل که بسیار مفید است و از ضرورت‌ها می‌باشد.»
شهید بهشتی حزب و تشکل سیاسی را به این معنا مفید به حال انقلاب و کشور و از ضروریات می‌داند.
ب) معنای رایج و غربی آن است که در آن تصریح می‌کند که منظور از حزب، گروهی است که طالب قدرت هستند و با به راه انداختن ساز و کارهای قدرتمندی سعی در رسیدن به قدرت دارند و نقطه نظر مشترک آنها نیز دستیابی به قدرت است.
تفکر شهید این مفهوم از یک حزب و تشکل را بسیار خطرناک و مضر می‌داند و آن را مزاحم و مانع بزرگی در راه رسیدن جامعه به تعالی به شمار می‌آورد. بهشتی در باب ضرورت وجود حزب و تشکل سیاسی، ایجاد این پدیده را مفید به حال انقلاب می‌داند و در تبیین فلسفه تشکیل حزب جمهوری اسلامی می‌گوید: «ما می‌خواستیم انسان‌هایی را که در خط راست اسلام، خط مستقیم اسلام می‌اندیشند و عمل می‌کنند و به استقلال کامل این مملکت چه از نظر سیاسی و چه اقتصادی علاقه دارند و معتقد هستند که این جامعه می‌تواند روی پای خودش بایستد و به سمت جلو حرکت کند را به صورت یک تشکیلات نیرومند و فعال گرد هم آوریم تا بتوانند به صورت هماهنگ برنامه ریزی و عمل کنند.»
وی بر داشتن بینش و خط مشی اسلامی تأکید فراوانی دارد و تصریح می‌کند که تفکر خالص اسلامی باید مبنای تشکل‌ها و احزاب فعال در کشور باشد و از گرایشات به اندیشه های غرب و سوسیالیستی جدا بپرهیزند.
دکتر بهشتی تشکل‌ها و گروه‌های سیاسی را به چند اصل اساسی و مهم توجه داده که مهم‌ترین آنها عبارتند از:
1) صداقت
شهید بهشتی لزوم صداقت در اعلام مواضع احزاب و تشکل‌ها را جزء موارد بسیار ضروری می‌داند و بارها تأکید کرده است: «احزاب و تشکل‌ها باید مواضع خود را شفاف بیان نموده و در بیان اصول حاکم بر حزب و یا تشکل، صداقت به خرج دهند. جامعه بدون صداقت نمی‌تواند در مسیر سعادت پیش برود.»
2) روابط بین گروه‌ها و جناح‌های مختلف
گروه‌هایی که به اسلام و اصول اساسی آن اعتقاد دارند، لازم است که به یکدیگر احترام گذارده و مواضع تخریبی نسبت به همدیگر نداشته باشند.
دکتر بهشتی که از پایه گذاران اصلی حزب جمهوری اسلامی بود در تبیین رابطه این حزب با سایر احزاب اصولگرا و ارزشی از کلمه رابطه برادرانه استفاده می‌کند و تصریح می‌کند: «اگر کسی عضو حزب باشد یک ارزش است اما فقط یک ارزش است و این ارزش جانشین همه ارزش‌ها نمی‌شود. تشکل‌های این چنین اگر یکی باشد که چه خوب اگر بیشتر هم باشد با هم برادرند و هیچ وقت با هم معارض نمی‌شوند.»
3) تشکیل جبهه اسلامی گروه‌ها در خط ولایت فقیه
شهید مظلوم دکتر بهشتی محور اصلی وحدت همه احزاب و گروه‌ها و نقطه اشتراک همه تشکل‌ها را ولایت فقیه و مقام رهبری جامعه معرفی می‌کند و تصریح می‌کند؛ تشکیلات نه در طول رهبری و نه در عرض آن بلکه باید تحقق بخشنده نظام امت و امامت باشد زیرا عقیده دارد نظام اسلامی ما نظام امت و امامت است و نباید معارض و متضاد با امامت و رهبری فقیه باشد.
شهید مظلوم آیت الله بهشتی فردی نبود که صرفاً در عرصه نظری فعال باشد و به صحنه عمل اعتنایی نداشته باشد و یا این که در این عرصه برای خود توانی مشاهده نکند. همان طور که شهید بهشتی در تدوین پشتوانه های نظری و قانونی نظام مقدس جمهوری اسلامی بسیار فعال و گره گشا بود، در عرصه مدیریت و تشکیل و سازماندهی نیروها و انسجام بخشیدن به مجموعه طرفداران و هواداران انقلاب اسلامی و عموم ملت مسلمان ایران نیز بسیار فعال و گره گشا بود. اگر شهید مظلوم بهشتی در سال های اولیه بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیروهای مؤمن به انقلاب را منسجم نمی‌کرد و تشکل های متعدد و هم جهتی این زمینه پدید نمی‌آورد معلوم نبود انقلاب اسلامی به چه سرنوشتی گرفتار می‌شد و دشمنان داخلی و خارجی انقلاب که برای ستیز با آن پشت سرهم صف کشیده بودند چه بلایی بر سر انقلاب و نیروهای آن می‌آوردند.
شهید مظلوم بهشتی همواره در کنار سازماندهی نیروها به مسئله بسیار مهم دیگری هم توجه می‌نمود. این مسئله نیروسازی و پرورش انسان های توانا برای پیش بردن کارها و اداره جامعه و انقلاب در سطوح مختلف و هم چنین تربیت نیروهایی بود که در بعد علمی و نظری و فرهنگی بتوانند رهگشایی کنند. موضوع تشکل و تربیت نیروها چیزی نبود که شهید بهشتی آن را در دوره انقلاب آغاز کرده باشند بلکه این رویه بسیار اساسی ایشان از سال های ابتدایی دهه 1330 به طور جدی آغاز شد. یعنی از همان زمان (سال 1333 ش) که دبیرستان دین و دانش را در قم تأسیس کردند. به طور جدی وارد عرصه تربیت نیرو و انسجام بخشیدن به نیروهای مسلمان شدند و موفقیت های بزرگی نصیب جامعه اسلامی کردند. هنگامی که شهید بهشتی مسئول اداره مرکز اسلامی هامبورگ در آلمان شد همین روش را در اروپا نیز دنبال کرد و در آنجا ضمن تربیت نیرو تشکل های پرثمری نیز ایجاد کرد که اتحادیه انجمن های اسلامی دانشجویان گروه فارسی زبان یکی از همین تشکل‌ها بود.
کارنامه شهید مظلوم بهشتی در عرصه تربیت و تشکل نیرو بسیار گسترده است و به دلیل نمونه های فراوانی که در این زمینه وجود دارد مجالی برای توضیح همه آنها نیست. بنابراین در این جا فقط به دو نمونه اشاره می‌کنیم دو نمونه ای که تأثیر بسیار گسترده در سال های اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی داشت و توانست نظام اسلامی را از بسیاری آفت‌ها و خطرها برهاند.
یکی از این نمونه‌ها کوشش محوری و اساسی شهید بهشتی در ایجاد تشکلی به نام «جامعه روحانیت مبارز» در پاییز 1357 است. این تشکل توانست بسیاری از روحانیان مبارز کشور را منسجم کند. چون روحانیت قشری است که گسترده‌ترین و عمیق‌ترین تأثیر را در جامعه دارد. در آن زمان انسجام بخشیدن به روحانیت مبارز مفهومی غیر از انسجام بخشیدن به بخش بسیار بزرگی از جامعه نداشت. شهید بهشتی با هوشیاری درک کرده بود که اگر این قشر منسجم و متحد شود و هم جهت حرکت نماید درصد بسیار بالایی از جامعه اسلامی منسجم خواهد شد و در برابر هر خطری خواهد ایستاد.
نمونه دیگر تلاش محوری شهید بهشتی در ایجاد تشکلی فراگیر به نام «حزب جمهوری اسلامی» است. شهید بهشتی و دوستانش با تأسیس حزب جمهوری اسلامی نیروهای عظیم مسلمان و جوانان بسیار پرشور و دانش آموزان و دانشجویان مؤمنی را که در سراسر ایران به طور منفرد و غیرمؤثر حضور داشتند به طور شگفت انگیز سازماندهی و ساماندهی کردند تا ضمن ایجاد سپر دفاعی قوی در برابر دشمنان انقلاب، به سازندگی در عرصه های مختلف فرهنگی و اجتماعی نیز مشغول شوند.
در واقع شهید بهشتی با ایجاد این دو تشکل بسیار گسترده و مؤثر (جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی) تقریباً توانست کل ملت ایران و جامعه اسلامی را متشکل کند و دشمنان را از شکست دادن انقلاب اسلامی ناامید نماید. به همین دلیل بود که امام خمینی فرمود: شهید بهشتی مثل یک ملت بود برای ملت ما.
شهید بهشتی که از توانایی بالایی در سازماندهی نیروهای جوان و مؤمن به اسلام و انقلاب برخوردار بودند. پس از پیروزی انقلاب و به خاطر اعتقاد راسخی که به این مسئله داشتند به تشکیل حزب جمهوری اسلامی همت گماردند تا بتوان تحت لوای آن از تمامی نیروهای متعهد و مسلمان و پیرو ولایت فقیه با سلیقه های مختلف سیاسی در امور اجرایی و اداره ایران اسلامی استفاده نمود که به عنوان الگویی برای جهان اسلام محسوب می‌شد. در آن زمان تلاش ایشان بر این بود که تمامی نیروها علی رغم داشتن سلیقه های مختلف در این امر مشارکت داشته باشند. دیدگاه ایشان به معنای واقعی فراجناحی بود و هرگز شیوه برخورد حذفی با نیروها و سلیقه های گوناگون را نداشتند. ایشان معتقد بودند که در حکومت اسلامی بایستی تمامی نیروهای متخصص و متعهد به انقلاب اسلامی و پایبند به ارزش‌های اصیل اسلامی جهت اجرای هرچه بهتر و اداره صحیح کشور به کار گمارده شوند. هرچند ایشان هرگز تخصص را بر تعهد به انقلاب اسلامی ترجیح ندادند و این نکته بسیار ظریفی است که در انتخاب مدیریت‌ها بایستی بدان توجه وافر نمود. آن که متعهد به انقلاب است هرگز حاضر نمی‌شود از منافع ملی چشم پوشی کند در حالی که داشتن صرف تخصص در رشته ای نمی‌تواند به تنهایی ضامن خدمتگزاری به کشور باشد. در این میان متخصص متعهد ماست که در توسعه کشور و حفظ منافع ملی و استقلال میهن اسلامی کوشا خواهد بود.
5) منع انحصارطلبی
شهید شهیدان انقلاب اسلامی بین تشکل حق و تشکل باطل تفکیک قائل بودند و فقدان انحصارطلبی را یکی از ویژگیهای مهم تشکل حق می‌دانستند. ایشان عقیده داشتند تشکل حق تشکلی است که انحصارطلب نیست یعنی این منطق خود پرستانه و ضد خدا پرستانه را ندارد که هر کس در این تشکیلات است آدم خوبی است و هر کس در این تشکیلات نیست آدم خوبی نیست. این تفکر شیطانی است. تشکل خوب و سالم تشکلی است که یک نظام ارزشی را روشن و صریح مطرح کند و می‌گوید ما پاسدار این نظام ارزشی هستیم و هر کس این ارزش‌ها را قبول ندارد مورد انتقاد ما است خواه عضو تشکیلات ما باشد خواه نباشد.