حضرت امام خمینی(ره) در کتاب کشف الاسرار، در باب ضرورت وجودی روحانیت سخن رانده و این نهاد اجتماعی را همانند نهادهای اجتماعی دیگر برای جامعه سودمند می‌داند زیرا ضرورت کارکردی روحانیت را هرگز نمی‌توان انکار کرد. ایشان پیروان روحانیون را وارستگانی می‌شمارد که وظیفه‌شناس بوده و پیشینه سوء نداشته و همواره خود را ملتزم به حدود و مقررات دینی و شرعی می‌سازند. از این رو رهبر فقید انقلاب، به منظور پیاده‌سازی احکام دین در زندگی جمعی، وجود روحانیت را یادآور شده و عالمان دین را مدافعان حریم ایمان و هدایتگران مردم به راه سعادت و تکامل اخلاقی می‌شناسانند.
به منظور عینیت یافتن جامعه ایده‌آل دینی، روحانیت ناگزیر از تشکیل حکومت و گرفتن قدرت از طاغوت است. زیرا بدون حاکمیت سیاسی نمی‌توان نقشی هدایتگرانه در زندگی فردی و جمعی ملت داشت. اگر اسلام مانند آیین مسیحیت کلیسایی بود و دین را از سیاست تفکیک کرده بود، طبعا روحانیت اسلام هم کاری به حکومت و حاکم نداشت و به موعظه‌های اخلاقی و گفتن مسئله‌های شرعی بی‌دردسر بسنده می‌کرد. اما بر اساس بینش ولایی که قرآن و عترت(ع) در دسترس ما نهاده و عالمان دین را در برابر ظلم و جور طاغوت‌ها مسئول دانسته و عالمان درباری و دنیاپرست را متهم شناخته اند، نمی‌توان نهاد روحانیت را نهادی بیگانه با قدرت و اقتدار و مفاهیم سیاسی حرکت‌آفرین در بستر زمان به حساب آورد.
از این رو هدایتگری مردم به سمت حاکمیت و جامعه آرمانی اسلام که طرح و نمونه و الگوی آن را پیامبر اکرم(ص) و امیرمومنان(ع) نمایانده‌اند، به عهده عالمان بزرگوار دین در هر زمان و مکان است. بر این پایه است حضرت امام خمینی(ره) پیوسته روحانیت کشور را در جهت برپایی حکومت اسلام برانگیخته و علمای حوزه‌ها را به هدایتگری سیاسی امت وامی‌داشت.
اگر اسلام فقط بعد اخلاقی و معنوی داشت، نیازی نبود که روحانیت آن، خود را به خطر افکنده و با طاغوت‌ها درگیری پیدا کند. اما ابعاد تمام و کاملی که در آیین اسلام ناب محمدی(ص) نهفته است، جهت‌گیری همه‌جانبه‌ای را می‌نمایاند که اقتضای آن داشتن قدرت و اقتدار است. بدین منظور بنیان‌گذار جمهوری اسلامی روحانیت شیعه را متوجه رسالت سنگین خود پیرامون حکومت اسلامی ساخته و خواهان یأس‌زدایی از حوزه‌ها و جامعه می‌شود، تا از این رهگذر بستر هدایت دینی مردم همواری پذیرد و بتوان اقامه عدل و قسط داشت.
امام امت افزون بر یأس‌زدایی ضرورت ابهام‌زدایی پیرامون اسلام و اندیشه‌های متنوع آن را یادآور می‌شود که اقتضای دیگر هدایت مکتبی نهاد روحانیت است. رهنمودهای حضرت امام در آن دوران، در حقیقت نمودار برنامه تئوری-عملی روحانیون در هدایتگری به سمت جامعه مطلوب قرآنی است.
هرچند که این امر مهم تا حدی انجام پذیرفته است، با این همه باید دانست که کشف ماهیت اسلام و قوانین و احکام و حدود الهی همواره بر عهده عالمان دین بوده و آنان به منظور مصونیت اذهان عمومی جامعه باید گفتارها و نوشتارهای هدایتگرانه‌ای در باب شناخت‌های دینی و نیز فلسفه احکام جزایی و غیر آن پدید آورند.
شکی نیست که دشمن در دوران حاکمیت اسلام، تلاش افزون‌تری در جهت ابهام‌آفرینی درباره دین و قوانین و مقررات گوناگون آن داشته و بر ادامه آن اصرار می‌ورزند. از این رو هشدارهای امام(ره) را باید هشدارهایی ماندگار به روحانیت تلقی کرد که مبادا دچار غفلت از دشمنان قرآن و اسلام شده و ناخواسته به انزوا گراید.