مخالف اصلی او هم بنی‌صدر بود که نقشه کشیده بود رئیس‌جمهور شود و لذا تلاش می‌کرد برای رئیس‌جمهور اختیارات زیادی را به تصویب برساند. درواقع مواجهه جدی بنی‌صدر با آیت از‌‌ همان دوره شروع شد.

اختلاف اصلی او با میرحسین موسوی بر سر نگاه به ملی‌گرا‌ها و در مرحله بعد، منافقین بود. خود من، در دوره‌ای که در خارج از کشور بودم، وقتی سازمان مجاهدین تغییر ایدئولوژی داد، دراین باره مطلب نوشتم و سخنرانی کردم.

بعد از انقلاب هم همراه با شهید آیت، علیه منافقین مقاله می‌نوشتیم؛ اما مهندس موسوی که سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی بود آنها را چاپ نمی‌کرد و می‌گفت: در شرایط فعلی درست نیست با آنها درگیر شویم! در حالی که به نظر من و شهید آیت، ما اساسا در گوشه و کنار مملکت، با آنها درگیر بودیم.

شهید آیت به‌شدت به موسوی مشکوک بود و در سال‌هایی که جنگ شروع شده بود، می‌گفت: «خدایا! ما را از شرّ دو تا حسین نجات بده: صدام حسین و میرحسین!»

البته برای اینکه انسان به کشورش لطمه بزند یا حتی خیانت کند، ضرورتا نباید وابسته به جایی باشد. همین که جاهلانه و برخلاف مسیر منافع کشور حرکت کند، خیانت کرده است.

وقتی امام به‌عنوان رهبر انقلاب دستوری می‌دهند و نخست‌وزیر کار دیگری می‌کند، خیانت نیست؟ یا وقتی وزیری از ترس نخست‌وزیر نمی‌تواند با رئیس‌جمهور ملاقات کند، چون تضییقات زیادی بر سر راه انجام وظیفه‌اش قرار می‌گیرد، خیانت نیست؟ آدم‌های وابسته چه می‌کنند که این حضرات نکردند؟ از نظر من مهندس موسوی آدم وابسته‌ای نبود؛ ولی انقلاب در دوره تصدی وی آسیب‌های جبران‌ناپذیری دید.