با اینکه مسئول عقیدتی لشکر پنج نصر خراسان بود، خودش را هیچ‌وقت از رزمندگان جدا نکرد، وسط معرکه جنگ، هم روحانی بود و هم رزمنده که سلاح می‌گرفت و می‌جنگید؛ سادگی، اخلاص و تقوا. این اخلاص او را به معراج کشاند. در عملیات خیبر آقا سیدمحمد طاهر توسط نیروهای عراقی اسیر می‌شود، وقتی متوجه می‌شوند که ایشان روحانی هستند از چند قدمی به او گلوله می‌زنند و سپس با تانک از روی هر دوپایش می‌گذرند و عاقبت پیکرش را ناجوانمردانه به آتش می‌کشند. شهید آقا سیدمحمد طاهر طاهری سال‌ها مفقودالاثر بود.