محمد مهدی اسلامی- مرتضی صبحی یکی از همکاران شهید لاجوردی درباره مواضع آیت الله منتظری علیه شهید لاجوردی می گوید: «تعدادی از منافقین در دفتر آیت‌الله منتظری نفوذ کرده بودند. در آنجا کار می‌کردند و آنها اطلاعات نادرستی به آقای منتظری می‌دادند و او را در فشار زیادی گذاشته بود که این منافقین گناهی ندارند و باید از زندان آزاد شوند. من و شهید لاجوردی و 7، 8 نفر از رؤسای شعب دادگاه انقلاب و عده‌ای از معاونین آقای لاجوردی به قم و به دیدن آقای منتظری رفتیم. چند گزارش دادم که اینها دارند چه کار می‌کنند و خودشان را در چه وضعیتی قرار می‌دهند و چه شرایطی دارند. هنوز سر موضع هستند و هیچ از موضع‌شان کوتاه نیامده‌اند. چند نفر از بازجوها گزارش دادند. با همه این حرف‌ها آیت‌الله منتظری زیر بار نرفت و به شهید لاجوردی گفت: سید! من این حرف‌ها را نمی‌پذیرم و شما باید اینها را آزاد کنید بروند. شهید لاجوردی حتی رفت پیش حضرت امام و گفت از دفتر آقای منتظری فشار روی من زیاد است و آقای منتظری می‌گوید در زندان را باز کنید. بعد هم گزارش داد به حضرت امام که در زندان چه خبر است. امام گفتند شما کار خودت را بکن. شهید لاجوردی وقتی آمد خیلی خوشحال بود و گفت من حرف‌هایم را که زدم حضرت امام گفتند شما نگران نباش و کار خودت را بکن.»
حجت الاسلام و المسلمین حسینعلی نیری از قضات دادگاه‌های انقلاب در این باره می‌گوید: «منافقین در آن زمان با بیت آقای منتظری در ارتباط بودند و در آنجا بسیاری از مسائل را بزرگ‌نمایی می‌کردند و این موجب شد که آقای منتظری احساس کرد این مسائل واقعیت دارند، لذا به شورای قضایی آن زمان فشار آورد که آقای لاجوردی عزل شود و کس دیگری را بیاورند. یادم هست بعد از شهید لاجوردی، آقای رازینی آمدند که آقای منتظری به ایشان اعتماد داشت. با این حال بعد از گذشت مدتی، یک روز به او گفته بود: رازینی! شنیده‌ام فک 400 نفر را خرد کرده‌ای. آقای رازینی جواب داده بود: شما یکی‌شان را به من نشان بدهید.»
گاهی پرسیده می شود که چرا امام به آیت الله منتظری تا این حد میدان دادند و اجازه هایی همچون عفو مجرمین را به او سپردند. اگرچه امام خمینی (ره) بعدها اعلام کرد از ابتدا مخالف مسئولیت قائم مقام رهبری برای منتظری بوده است؛ اما در تمکین به خواست نمایندگان ملت در مجلس خبرگان رهبری ، در مقاطعی بیش از 40 مسئولیت از مسئولیت‌های خویش را به قائم‌مقام خویش واگذار نمودند و در آنها دخالت نمی‌کردند که از آنجمله اختیار عفو زندانیان بود. این رویه سبب گردید در زمان حیات امام عدم صلاحیت منتظری اثبات شود و خطری بزرگ از نظام جمهوری اسلامی دفع گردد. یکی از اولین مواردی نیز که امام از او صلب اختیار نمودند، اجازه‌ای بود که در عفو زندانیان طبق اصل 110 قانون اساسی بر عهده رهبر انقلاب گذاشته شده و امام به او تنفیذ نموده بودند.
آنچنان که هاشمی رفسنجانی در خاطرات سهشنبه بیستودوم مهر 1365 خود نوشته است: «آقای عبدالله نوری آمد و گفت آیت‌الله منتظری در عکسالعمل جریان بازداشت گروه سید مهدی هاشمی، ملاقاتها را تعطیل کردند. مدتی که در جلسه علنی بودم، مراجعههای زیادی از نمایندگانی در همین خصوص داشتم. نگرانی شدیدی در نمایندگانی که مطلع شدهاند؛ بروز کرده است... نزدیک غروب به منزل آقای منتظری رسیدیم. کمی پشت در معطل شدیم. ظاهر این بود که ایشان مصمم بوده کسی را نپذیرد... ایشان از دستور امام در خصوص تعقیب گروه سید مهدی هاشمی رنجیدهاند و دستور امام به اینکه دیگر عفو زندانیان با آقای منتظری نباشد...»