توصیه‌های مذکور را می‌توان به عنوان پیشنهادهایی دانست که هر کدام برای رفع یک آسیب، جایگزین متناسبی ارائه می‌کند: «افزایش قدرت درون‌زای اقتصادی به جای نگاه به بیرون»، «اتکاء به ستون توان و ظرفیت داخلی به جای توجه به القائات فکری دشمنان»، «اقتصاد مبتنی بر ارزش افزوده به جای اقتصاد تک محصولی و خام فروشی»، «پیشرفت علمی و فناوری به جای وابستگی علمی»، «نوآوری به جای مونتاژ کاری در بخش صنعت» و «کار فرهنگی و ارتقاء تقوای نخبگان به جای اسیر فکری و فرهنگی شدن دانشمندان».
اذعان داریم که طی چند دهه گذشته و در سطح ملی توفیق‌های چشمگیر بسیاری مانند رشد پرشتاب علم، تقویت ارزش‌محوری در علم مبتنی بر آموزه‌های اسلامی، وارد شدن به میدان نوآوری‌های علمی، رشد خودباوری در دانشگاه، تأسیس و نهادینگی پایگاه‌های استنادی ایرانی، پیشرفت نشریات علمی و رشد بالای درصد جمعیت دارای تحصیلات عالی در کشور، حاصل شده است و برای تعریف مأموریت در نهادهای علمی کشور، بایستی این قابلیت‌ها و مزیت‌ها را در نظر گرفت.
از سوی دیگر، همانطور که در بیانات رهبر معظم انقلاب ملاحظه می‌شود، برخی آفت‌های این حوزه از جمله وابستگی روانی به دانش و فناوری غیربومی، تحریم علمی کشور، تبلیغ رویکرد متخاصم در زمینه همخوانی علم و دین، جاذبه زیرساخت‌ها و منابع در خارج از کشور و اسلام‌هراسی و ایران هراسی برای عقب نگه‌داشتن کشور در زمینه‌های نظامی، اقتصادی و سیاسی، موانعی است که مستمراً به بنیه علمی کشور ضربه زده است. با ایجاد تقابل بین توفیق‌ها و موانع، هر نهاد علمی کشور، بسته به میزان مسئولیت احساس شده و همچنین قابلیت‌های بالقوه و مزیت‌های بالفعل خود، می‌تواند در رفع یا کاهش ناخوشایندی‌ها و برداشتن موانع پیشرفت علمی در کشور، نقش ایفاء کند.
با در نظر داشتن هر دوی توفیق‌ها و موانع و در هماهنگی با نظام فکری رهبر معظم انقلاب، دانشگاه می‌تواند یک سلسله مأموریت‌ها را به تفکیک شش محور احصاء شده از فرمایشات ایشان تعریف و دنبال نماید. در خصوص افزایش قدرت درون‌زای اقتصادی و همچنین، در زمینه اقتصاد مبتنی بر ارزش افزوده، وظیفه دانشگاه، پشتیبانی از پتنت و خدمات انکوباتور در مسیر تجاری‌سازی ایده‌ها بر اساس پیمان مشترک دانشگاه‌ها و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی کشور و جهان اسلام است. این اقدام، علاوه بر اینکه توسعه گفتمان علم‌محور و اقتدارگرای انقلاب اسلامی را در خود لحاظ می‌کند، به توسعه آگاهی و بصیرت در زمینه تقویت گفتمان دیپلماسی علمی جهان اسلام برای مقابله و خنثی‌سازی سلطه نهفته در رویکردهای غربی در زمینه گفتمان جهان‌شمولی کاذب علم موثر است.
در زمینه اتکاء به ستون توان و ظرفیت داخلی، تحکیم منطقه‌گرایی اسلامی به جای تأکید صرف بر رویکرد جهانی‌شدن می‌تواند محور اقدام باشد. این مأموریت مفروض، باعث پرهیز از نتایج ناخوشایند رویکردهای خنثی و ابزاری شده به علم و تخصص‌گرایی می‌شود. همچنین مستلزم بخشی تخصصی است تا متولی اطلاع‌رسانی در جهت اشاعه یافته‌های پژوهشی و سهولت دستیابی به نتایج تحقیقاتی ایرانیان توسط متقاضیان در سراسر جهان باشد. این اقدام، خصوصاً منتج به توسعه جهانی گفتمان مقتدرانه انقلاب اسلامی خواهد شد.
در عرصه پیشرفت علمی و فناوری، دانشگاه ها نیازمند تسهیل بیشتر دسترسی به دانش جدید و تخصصی از طریق تقویت زیرساخت‌های علمی و پیمان‌های بین‌المللی است. همچنین، نظام‌گرایی و نهادینگی در تحلیل و تبیین نیازهای علمی کشور و تمرکزگرایی هدایت‌محور بر روندهای در حال ظهور علم، اقدام ضروری دیگر در این عرصه است. در کنار این اقدامات زیرساختی، تعریف و اعطای جوایز علمی به منظور تقویت روابط و همکاری‌های علمی در سطوح منطقه‌ای و جهانی در بین مراکز علمی برای تقویت اعتبار علمی و اقتدار کشور در برابر غرب‌محوری و همچنین پیش‌بینی و اقدامات زیرساختی برای پذیرش و جذب دانشجویان و مدرسین بین‌المللی و بین‌المللی‌سازی برنامه‌های درسی برای تسهیل جریان چرخش مغزها در جبران بار منفی حاصل از فرار مغزها اقدامات جبرانی مهم دیگر در این عرصه است. راهبرد اساسی دیگر، پشتیبانی از توسعه نهادهای علمی منطقه‌ای از طریق فرایندهای مردمی است که به ایجاد جایگزین‌های دولتی و حاکمیتی منجر خواهد شد و از تأثیر بوروکراسی به عنوان عامل بازدارنده فعالیت‌های علمی تحقیقاتی نیز مبرا است.
در حوزه نوآوری، یکی از بزرگترین موانع، فقدان تضمین حقوق مالکیت معنوی در کشور است. در شرایطی که تحقق این مهم در کشور، با موانعی روبرو است و چشم‌انداز امیدوارکننده‌ای برای تحقق آن در کوتاه مدت وجود ندارد، توسعه روابط علمی بین‌المللی از طریق مشارکت در پیمان‌های جهانی حوزه علم از جمله پیمان پشتیبانی از حقوق مؤلفین و مالکیت ذهنی می‌تواند به عنوان یک راهکار بنیانی پیشنهاد شود. همچنین، تمرکز عملی بر اصل کاربردپذیری تحقیقات دانشگاهی در صنعت، تجارت و جامعه به توسعه و تقویت علوم کاربردی منجر خواهد شد. بازبینی ظرفیت‌های علمی و رشته‌های تحصیلی دانشگاهی بر اساس شناسایی نیازهای منطقه‌ای و بین‌المللی در وضعیت رقابت تولید متخصص نیز از دیگر محرک‌های توسعه نوآوری است.
و بالأخره در عرصه مهم کار فرهنگی و ارتقاء تقوای نخبگان، تأکید بر امکانات معنوی و راه‌حل‌های تمدنی اصیل اسلامی به منظور ایجاد رویکرد بومی مؤثر، پرهیز جدی از نخبه‌گرایی صرف که منجر به دامن زدن به توقعات نابجا و اشرافی‌گری، تفرعن و استکبار فردی می‌شود و جایگزین ساختن رویکردهای تخصص‌گرایی عمل‌گرایانه و وظیفه‌محور، یکی از راهبردهای اساسی است. همچنین، تقویت چرخش نخبگان در جهان با لحاظ شروط حمایتی و ایجاد تعهد نسبت به کشور به منظور کاهش موانع انگیزه‌ای محققان، جبران فرار مغزها، استفاده از فرهنگ عمیق اسلامی برای تولید علم در زمینه علوم انسانی برای تأثیرگذاری بر ارزش‌ها و باورهای دینی در معرفت علمی و طراحی برنامه و مضامین درسی پشتیبانی، تقویت و ترویج خودباوری در نهادهای علمی، خصوصاً دانشجویان برای غلبه بر ذهنیت ترجیح دانش و فناوری غیربومی از دیگر محورهای اقدام فرهنگی است.
موانع دیگری نیز موضوعیت دارد که رفع آنها نیازمند عزم ملی است. مهمترین این موانع، فقدان ستاد یا قرارگاه سیاستگذاری علم در کشور برای رفع ناهماهنگی در سیاستگذاری یا عدم هماهنگی بین سیاستگذاری و اجرا است.