ـ مراد از تحول بالمعنی الاعم (مطلوب و غیرمطلوب) در علوم انسانی چیست؟
ـ هویت معرفتی تحول‌پژوهی این علوم کدام است؟ (چون خود این پرسش مربوط است به فلسفه علم و از جنس مباحث این فلسفه قلمداد می‌شود.)
ـ اهمیت و جایگاه ذاتی این بحث در ساختار فلسفه‌های علوم کجاست؟
ـ مبانی و انگاره‌های تحول‌پذیری علوم انسانی چیست؟
ـ آیا تحول علوم انسانی ممکن است؟
ـ آیا تحول مدیریت‌پذیر است؟ اگر مدیریت‌پذیر است، آیا روشمند است؟
ـ اگر در مقام ثبوت ممکن است، آیا در مقام اثبات حَسَن است؟
ـ آیا باید علم را مدیریت کرد یا علم باید خودبه‌خود و خودرو پیش برود و از هرگونه اِعمال رای، نظر، سلیقه و مدیریت آزاد باشد؟
ـ سیر تاریخی و معرفتی تکون و تطور علوم انسانی کدام است؟
ـ انواع تحول و تطور متصور و ممکن در علم که البته تابع علل و عوامل تطور است کدام‌اند؟
ـ چه مختصات و شاخص‌هایی در تحول علوم انسانی، مطلوب تلقی می‌شود؟
ـ غایت و کارکردهای تحول در علوم انسانی کدام است؟
ـ منطق علمی تحول بالمعنی‌الاخص (تحول مطلوب) کدام است و چه منطقی علوم انسانی را متحول می‌سازد؟
ـ فرایند عملی، مراحل و سازوکارهای تحول مطلوب در علوم انسانی چگونه است؟
ـ تحول در علوم انسانی با چه فرصت‌ها و تهدیدهایی روبه‌روست؟
اگر شاخص‌هایی که ماهیت علم را می‌سازند، مانند مبانی، پیش‌انگاره‌ها و فراپیش‌انگاره‌ها از دین اخذ شوند (البته نه فقط از نقل؛ زیرا نقل حامل همه دین نیست یا اگر حامل همه دین است، همه دین را نمی‌توانیم از نقل دریافت کنیم، بلکه فقط اهل آن می‌توانند چنین کاری را انجام دهند) ماهیت آن علم، دینی می‌شود و در این صورت گزاره‌های علمی دینی هم تولید خواهد شد و غایت علم نیز دینی خواهد گردید.
افزون بر ماهیت، علم، هویت هم دارد. منظور از هویت علم، بستر فرهنگی خاصی است که علم در آن تولید شده است. بر این اساس می‌توانیم از علم مسلمانان و علم غیرمسلمانان سخن بگوییم.
اگر دانشمند مسلمانی با همه هویت مسلمانی خود علمی را تولید کند، یعنی اگر مبانی، پیش‌انگاره‌ها نگرش و رویکرد او در حوزه معرفت و هستی‌شناسی، اسلامی باشد و این ارکان بر دیدگاه‌های او تاثیر گذارد ـ که تاثیر هم می‌گذارد ـ ممکن نیست این علم، غیردینی باشد.
در واقع اگر تولید علم عمل است، و عمل مجسم و باقی است و از نیت فرد تاثیر می‌پذیرد؛ یعنی اگر نیت تاثیر جوهری در عمل دارد، تولید علم یک مسلمان نمی‌تواند غیراسلامی باشد و محصول حتما اسلامی خواهد بود، اما اگر برای مثال علمی به وسیله فیزیکدان مسلمانِ متعارفی تولید شود که مقید به موازین شرعی و اخلاق دینی است یا در دوره‌ای از فرهنگ و تمدن اسلامی زندگی کرده است، این علم را می‌توان فقط از نظر فرهنگی و هویتی به دین نسبت داد.
زمانی علم دینی به معنای خاص کلمه تولید می‌شود که مجموعه مبانی و مبادی، غایت و کارکردها مصدر و منبع، منطق، قواعد، ضوابط و فرایند تولید سنجمان‌های به‌کاررفته برای تولید علم، مسائل، قضایا و قیاسات تشکیل‌دهنده آن علم، و موضوع‌ها و محمولات‌اش دینی باشند. اما اگر یکی از این شاخص‌ها دینی نباشد، آن علم از معیارهای دینی بودن فاصله می‌گیرد. زمانی که این فاصله به بیشترین حد خود برسد علم فقط از نظر هویتی دینی تلقی می‌شود.
آرمان تحول علوم انسانی، دینی کردن این علوم به گونه یاد شده است؛ یعنی در این طرح عظیم به دنبال آن هستیم که تجربه گذشته را در تولید علوم عقلی و تجربی اسلامی تکرار کنیم، اما این بار در حوزه علوم انسانی.
مرحوم علامه جعفری مکرر می‌فرمود که علوم انسانی و همه نظریه‌های مربوط به آن را از ادبیات فارسی موجود می‌شود استنباط کرد. به یاد می‌آورم روزی خدمت ایشان رسیدم؛ این علامه بزرگوار، که در آن زمان کسالت شدیدی داشتند، با عصبانیت گفتند: من هرچه این موضوع را مطرح می‌کنم به آن توجه نمی‌شود. گفتم ما جمعی را از متخصصان رشته‌های گوناگون سازمان‌دهی خواهیم کرد و این کار را زیر نظر شما انجام خواهیم داد. گفتند خوب است. اما پس از مدتی ایشان رحلت فرمودند. پس از ارتحال ایشان نامه‌ای به دست من رسید و دیدم که این مرحوم پیش از وفات نامه‌ای به محضر رهبر فرزانه انقلاب نوشته‌اند و همین پیشنهاد را به تفصیل در آن شرح داده‌اند.
غرض از اشاره به این خاطره آن است که در ادبیات ما نظریه‌های علوم انسانی فراوان هست و این ظرفیت وجود دارد.